В 1901 году начался революционный террор. Одним из первых погиб министр народного просвещения Н.П. Боголепов. «Нет сильной направляющей воли, как было у Саши (Александра III. – Е.П.), – сокрушался Сергей Александрович, – и теперь мы шатаемся, как в 70-х годах. Зачем? И даже ответ на вопрос не получишь! При этих условиях служить становится невозможно, и я серьёзно подумываю сойти с административной сцены… один в поле не воин».

   Тяжелое впечатление произвела на него война с Японией. Он считал, что России не следует проводить экспансию на Дальнем Востоке, и вот теперь такие тяжелейшие испытания. А в обществе всё больше и больше распространялось революционное брожение. «Узнал о подробностях земского съезда в Петербурге: вотировали конституцию!! Депутация земцев принята Мирским (министр внутренних дел. – Е.П.), будет принята Государем!! (Принята не была. – Е.П.)...Мне иногда кажется, что я с ума схожу».

   Разрушенная взрывом карета, в которой находился Великий князь Сергей Александрович. Москва, Кремль.1905 г.

   Он остро ощущал свою «несовременность», свою ненужность – всё то, что он отстаивал, теперь теряло всякий смысл. После горьких раздумий Сергей Александрович оставил пост генерал-губернатора Москвы. Но революционеры всё-таки добрались до него. Спустя всего месяц эсер И.П. Каляев бросил бомбу в экипаж, в котором находился Сергей Александрович. Трагедия произошла в Московском Кремле. Взрыв был настолько сильным, что Великого князя буквально разорвало на куски (его сердце обнаружили потом на крыше одного из зданий). Обезумевшая от горя Елизавета Фёдоровна с ужасом собирала останки мужа, и даже во время похорон люди всё ещё приносили отдельные части тела. Здесь же, в кремлёвском Чудовом монастыре, состоялось погребение. Hа месте взрыва по проекту Виктора Михайловича Васнецова установили красивый крест в древнерусском стиле с евангельской надписью: «Отче, отпусти им: не ведят бо, что творят» («Прости им Господи, ибо не ведают, что творят»).

   Во время Первомая в 1918 году новые хозяева Кремля во главе с Лениным этот крест сломали. Позже взорвали Чудов монастырь, и чудом уцелевшие останки Великого князя нашли во время работ в Кремле только в 1995 году. Почему-то их похоронили не в самом Кремле и не в Петропавловской усыпальнице, а в Новоспасском монастыре, который когда-то очень давно служил романовским некрополем.

   Гибель дяди глубоко потрясла Николая II. Елизавета Фёдоровна нашла в себе силы на третий день после смерти горячо любимого Сержа прийти к Каляеву в тюремную камеру, и между ними состоялся долгий разговор. После этого Великая княгиня обратилась к императору с просьбой помиловать убийцу своего мужа, но император отказал, и Каляева повесили в Шлиссельбургской крепости.