В 1929 г. (не позже 8 мая) Булгаков начинает вторую редакцию романа, озаглавленную «Копыто инженера».

В 1931 г. замысел произведения существенно изменяется и углубляется — появляются Маргарита и ее спутник, который позднее будет назван Мастером и займет центральное место. Но пока что это место принадлежит еще Воланду, и роман называется «Консультант с копытом». Булгаков работает над одной из последних глав («Полет Воланда») и в правом верхнем углу листа с набросками этой главы пишет: «Помоги, Господи, кончить роман. 1931 г.» Однако эту редакцию он, видимо, так и не закончил.

Первая полная редакция романа была начата осенью 1932 г. в Ленинграде, куда Булгаков приехал без единого черновика — настолько продуман и выношен был к этому времени не только замысел, но и текст этого произведения. К ноябрю 1933 г. было написано 506 страниц рукописного текста, разбитого на 37 глав.

Жанр определен самим автором как «фантастический роман» — так написано наверху листа с перечнем возможных заглавий: «Великий канцлер. Сатана. Вот и я. Шляпа с пером. Черный богослов. Он появился. Подкова иностранца». Все эти варианты заглавия как будто указывают по-прежнему на Воланда как на главное лицо. Однако Воланд уже значительно потеснен новым героем, который становится автором романа об Иешуа Га-Ноцри; причем античный роман разбивается надвое, а между главами, его образующими (гл. 11 и 16), описывается любовь и злоключения «поэта» (или «Фауста», как назван он в одном из черновиков) и Маргариты.

К концу 1934 г. эта редакция была вчерне закончена. К этому времени слово «Мастер» уже трижды употреблено в последних главах в обращении к «поэту» Воланда, Азазелло и Коровьева.

В последующие два года Булгаков вносит в рукопись многочисленные дополнения и композиционные изменения, в том числе он наконец пересекает линии Мастера и Ивана Бездомного, будущего ученика Мастера. А в июле 1936 г. на даче в Загорянке пишет последнюю главу этой редакции «Последний полет», в которой определялись судьбы Мастера и Пилата.

Второй половиной 1936 или началом 1937 г. датируется работа Булгакова над «четвертой редакцией» произведения, начатой в новой тетради, в которой история Пилата и Иешуа вновь перенесена в начало романа и составляет вторую главу, названную «Золотое копье». Редакция эта доведена только до пятой главы и занимает 60 страниц.

В том же 1937 г. начата еще одна редакция, озаглавленная «Князь тьмы», в которой переработаны 13 глав (299 страниц), датированные 1928–1937 гг.

Наконец, в ноябре 1937 г. начата последняя полная редакция произведения, впервые получившего свое окончательное название: «Вечером Михаил Афанасьевич работал над романом “Мастер и Маргарита”», — записала 12 ноября 1937 г. Е. С. Булгакова в своем дневнике. Эта редакция занимает 6 толстых тетрадей; текст разбит на 30 глав.