Мне предстояло определить направление моей работы. У меня не было опыта психологических исследований, и я, испытывая почтение перед экспериментальной психологией, в то же время не решалась заниматься экспериментами, хотела углубить свои знания и обратилась к истории. В годы войны и сразу после нее особенно обострено было чувство родины, отсюда и желание обратиться прежде всего к прошлому отечественной науки. Сергей Леонидович согласился с тем, что на первых порах я займусь исторической темой, а потом экспериментами. Но история меня целиком захватила. Накапливался все новый и новый материал, возникали новые задачи. Так я все больше углублялась в историко-теоретические исследования.
По замыслу С. Л. Рубинштейна структура сектора предвосхищала последующее его преобразование в Институт психологии. В секторе были представлены психологи-специалисты разных направлений. С. В. Кравков занимался органами чувств и восприятием, Н. Н. Ладыгина-Котс — зоопсихологией, Н. А. Гарбузов — слуховыми ощущениями. Предполагались и исторические исследования. В 1947 г. вышла первая книга по истории русской психологии. Ее написал Б. Г. Ананьев. Были подготовлены для публикации статьи Б. М. Теплова о психологических взглядах революционных демократов. В трудах С. Л. Рубинштейна неотделимы проблемы истории психологической науки от решения им философских и теоретических проблем.
Однако в конце 40-х и начале 50-х годов для науки наступили тяжелые времена. Несостоятельные обвинения были предъявлены С. Л. Рубинштейну при обсуждении второго издания «Основ общей психологии». Его обвинили в космополитизме и сняли со всех постов (он был восстановлен в правах лишь после смерти И. В. Сталина). После так называемой павловской сессии 1950 г. встал вопрос о том, чтобы вовсе отвергнуть психологию. С. Л. Рубинштейна лишили созданной им кафедры психологии в Московском университете, рассыпали набор его новой книги «Философские корни психологии», изъяли из библиотек его труды. Прекратили прием аспирантов в сектор. Можно было только поражаться стойкости и непреклонности С. Л. Рубинштейна. Он продолжал защищать свои взгляды и в целом психологическую науку от яростных попыток подчинить ее чуждым догмам, проявляя прежние принципиальность, последовательность и доказательность в своих выступлениях. В частности, он отстаивал единство психологической науки, не умаляя при этом достижений западноевропейских и американских ученых. В то же время он, как и прежде, критиковал их философские и теоретические положения, исходя из марксистской трактовки психологических проблем. С особенным вниманием относился он к исследованиям отечественной психологии, не допуская упрощения и модернизации прошлого, односторонности оценок. Например, он возвращал написанные мною главы диссертации, а потом и книг с горестными для меня оценками «тривиально», «нельзя бездоказательно писать». Но в то же время он ценил новые факты, поощрял их поиск и анализ, находил время для своих учеников и неотступно следил за их работой. Многому мы научились у него — требовательности к себе, ответственности за свое дело, признанию ценности фактов и умению их обобщать, а не коллекционировать.