В самом начале управляемого синтеза проводится «собрание» всех частей. Терапевт помогает усилить чувства взаимной связи и эмпатии между ними. Для этого терапевт может, например, использовать метафоры сокращения дистанции или круга, образованного людьми, держащими друг друга за руки, подобно тому, как близкие и любящие члены одной семьи помогают друг другу справиться с горем. К этому образу терапевт может добавить и некоторые формулы, например, такую: каждая часть имеет свои сильные стороны, поэтому объединение делает каждую часть сильнее, так как сильные стороны каждой отдельной части станут после интеграции общим достоянием, таком образом, каждая отдельная часть получит помощь и поддержку от других частей. После этого терапевт может предложить формулы, направленные на укрепление контакта с психотерапевтом и с безопасным окружением кабинета психотерапевта. Только после этого следует постепенное обращение к содержанию травматических воспоминаний, при котором терапевт часто обращается ко всем частям с напоминаниями о необходимости сплоченности и сохранения связи с настоящим.

Во время сессии пациенту могут понадобиться краткие паузы для отдыха между циклами синтеза. Во время этих перерывов пациенту предлагают выполнить упражнения на релаксацию и дыхание, а также концентрироваться на контакте с терапевтом. Терапевт может также использовать паузы для формул внушения, направленных на изменение восприятия времени. Например, в отношении циклов синтеза используются формулы, направленные на снижение субъективной оценки их продолжительности («Минуты пролетают, как краткие мгновения, едва различимые в общем течении времени»), а для перерывов на отдых оценка длительности может быть скорректирована в сторону увеличения («Минуты отдыха превращаются в часы, а часы – в долгие дни, свободные от забот и суеты»). Для отдыха и восстановления сил, могут быть использованы следующие образы: пациенту предлагают представить себя погруженным в потоки белого света или окунающимся в бассейн с целебной водой. Терапевт также может пользоваться образами, которые предлагает сам пациент.

В зависимости от психического уровня пациента управляемый синтез может протекать в более быстром темпе и охватывать весь травматический материал или же совершаться медленно с проработкой травматического опыта отдельными небольшими порциями. Однако каким бы ни был темп терапевтического процесса, терапевт всегда должен поддерживать усилия пациента, то есть поощрять его и выражать уверенность в том, что пациент в состоянии справиться с задачей синтеза в том темпе, который для него удобен.