Вот, допустим, самый древний известный сегодня представитель нашего собственного типа хордовых — пикайя, небольшое (1,5–6 см в длину) существо, несколько напоминающее современных ланцетников. Когда именно пикайи возникли и когда исчезли с лица Земли, сказать трудно: у них не было минерального скелета или жесткого панциря, а такие существа в ископаемом виде сохраняются только в отложениях особого типа. В таких уникальных отложениях — сланцах Бёрджесс на западе Канады — и было найдено более сотни отпечатков этих животных. Они позволяют судить, что пикайи жили около 530 миллионов лет назад, в кембрийском периоде, а также довольно точно реконструировать их анатомию.

Допустим, что именно пикайя была предком всех более поздних хордовых, включая и нас (хотя строго доказать подобные предположения невозможно в принципе, а для того, чтобы их хотя бы обосновать, нужно найти довольно обширный ряд переходных форм — который в данном случае отсутствует). Как выглядела эта эволюция с генетической точки зрения? Когда и под действием каких причин у потомков пикайи стали появляться такие структуры, как головной мозг, глаза, челюсти? Какие гены и как должны были для этого измениться? На эти вопросы не может ответить ни эволюционная генетика, ни палеонтология.

Справедливо и обратное: у современных видов мы можем изучить не только морфологические признаки (причем любые, а не только те, которым условия захоронения позволили сохраниться в окаменелостях), но и генетику, биохимию, экологию и все прочие видовые особенности. В некоторых случаях мы можем даже наблюдать их эволюцию. Но при этом мы не можем сказать, какая группа сейчас находится на подъеме и в относительно близком будущем даст букет разнообразных форм; какие группы находятся в процессе конвергенции, вырабатывая сходные черты (которые пока еще у них не выражены); какие признаки каких современных групп окажутся преадаптацией — предпосылками крупных эволюционных изменений (как появившиеся у некоторых динозавров перья сделали возможным возникновение птиц) и т. д. Мы даже не можем сказать, есть ли в современной флоре или фауне группы, соответствующие чему-то из вышеперечисленного.

На первый взгляд может показаться, что эта трудность техническая, связанная с неполнотой наших знаний. Мол, найдем ископаемые останки еще нескольких переходных форм, узнаем побольше о связях между генами и морфологическими признаками — и состыкуем. На самом деле проблема тут не в нехватке фактов, а в методологическом разрыве. Почти в любой науке, изучающей как современное состояние тех или иных объектов и явлений, так и их прошлое, знание об этом прошлом очень плохо «проецируется» на настоящее — и наоборот. В биологии случилось так, что этот разрыв почти точно пришелся на различие между микро- и макроэволюцией. По мнению известного палеонтолога и популяризатора Кирилла Еськова, именно этот разрыв, «непереводимость» знаний о микро- и макроэволюции на язык друг друга — главная проблема эволюционной биологии в ее современном состоянии.