Далее царь приказывал воеводам запретить русским людям жить у татар и у немцев. Русских, отрабатывающих долги, по возможности выкупать, а задолжавших крупные суммы отправлять к новокрещёным в обмен на чухонцев, которых отдавать иноверцам. Последним запретить впредь русских людей нанимать на работу и денег им взаймы не давать.

Указания царя Фёдора казанским воеводам значительно укрепили авторитет Гермогена. Митрополиту удалось навести порядок в Казанском крае. До нас дошло «Послание наказа-тельное всем людям», где митрополит возмущается нарушением чинности церковной службы, когда попы и дьяконы для скорости читали и пели разные тексты хором (до пяти-шести голосов), а миряне в это время скучали, дремали или разговаривали. Гермоген стращал паству, утверждая, что «всё ведает и зрит».

Бдительный Гермоген не мог не заметить и куда больший беспорядок: в такой огромной Казанско-Астраханской митрополии — и не было своих святых! Митрополит ретиво взялся за дело. Для начала Гермоген составил поимённый список русских ратников, погибших при взятии Казани. Параллельно было найдено три случая убийств мусульманами православных в ходе конфликтов на религиозной почве. Один из погибших, Иван Новый, оказался русским из Нижнего Новгорода, а двое других, Стефан и Пётр, крещёными татарами.

9 января 1592 года Гермоген отправил патриарху Иову в Москву длинное послание, в котором просил установить «особую память» героям казанского взятия: «Умилосердись, государь Иов, повели и учини указ свой государев мне, богомольцу своему — в который день повелит мне святительство твоё по тех православных благочестивых воеводах и воинах, пострадавших за Христа под Казанью и в пределах Казанских в разныя времена... по всем божиим церквам во градах и сёлах Казанской митрополии пети по них панихиды и обедни служите, чтобы, государь, по твоему государеву благословению память сих летняя (ежегодная) по вся годы была безпереводно».

Далее Гермоген просил Иова канонизировать трёх казанских мучеников: Ивана, Стефана и Петра.

Патриарх не мог отказать Гермогену, поскольку личные интересы казанского митрополита полностью совпадали с интересами государства. Павшие под Казанью и мученики за православную веру были внесены в Большой синодик, читаемый в неделю православия. Поминать воинов Иов повелел в субботу после Покрова Пресвятой Богородицы (в честь взятия Казани 2 октября), а день поминовения мучеников Ивана, Стефана и Петра должен был назначить Гермоген. Торжественно объявляя о решении патриарха по епархии, митрополит велел повсеместно служить по ним литургии и панихиды и поминать на литиях и обеднях ежегодно 24 января.