Исидор же в 1614 году устроил фарс с мощами князя Фёдора Ярославовича, родного брата Александра Невского. А дело обстояло так. Шведские солдаты грабили Юрьев монастырь в двадцати верстах от Новгорода. Кому-то пришла мысль вскрыть гробницы в древнем Георгиевском соборе. В большинстве могил лежали лишь рассыпавшиеся кости, но, подняв очередную надгробную плиту, шведы остолбенели: там лежал... живой человек. Через несколько секунд испуг солдат прошёл — это был мертвец. Он был одет в роскошные княжеские одежды, которые здорово истлели от времени, но сам труп не подвергся тлению. Шведы забрали все драгоценности, а тело поставили у церковной стены «яко живо». Шведский командир расценил это как курьёз и звал сослуживцев в церковь, как в кунсткамеру.

Слух об этом дошёл до новгородского митрополита Исидора, и тот обратился к шведскому главнокомандующему Якобу Делагарди с просьбой отдать нетленное тело. Дела к тому времени у шведов пошли неважно, и ссориться из-за пустяков с митрополитом Делагарди не захотел. Тело перенесли в Софийский собор в новгородском Кремле. Не мудрствуя лукаво, Исидор признал тело за нетленные мощи князя Фёдора Ярославовича, который княжил в Новгороде с 1228 по 1233 год. Мощи были торжественно захоронены в Софийском соборе.

Исидора нимало не смутило, что хорошо сохранившийся труп принадлежит мужчине лет сорока. Между тем князь Фёдор умер в возрасте 14-15 лет. Уже в советское время историки и криминалисты занялись изучением «святых мощей» и выяснили, что они принадлежат великому князю Дмитрию Юрьевичу Шемяке, умершему в 1453 году. Судебно-медицинская экспертиза выдала заключение, что князь был отравлен мышьяком, это привело к сильному обезвоживанию организма и мумификации трупа. Самое забавное, что в 1446 году Дмитрий Шемяка собором русской церкви был предан анафеме.

Надо ли говорить, что ни Исидор, ни Пафнутий не удовлетворяли царя Василия. Слабому царю нужен был сильный патриарх. На эту роль среди всех иерархов русской церкви подходил только Гермоген. Но тут хитрый царь решил сблефовать и предложил патриарший престол своему недругу — ростовскому митрополиту Филарету. Официально Филарет не был поставлен в патриархи, но о его избрании сообщили боярам, народу и даже польским послам. Как уже говорилось, царь предложил Филарету разыскать и привезти в Москву мощи царевича Дмитрия. Филарет и сам был заинтересован в экскурсии в Углич, поскольку его сторонники готовили свержение Шуйского.

Попытка переворота 25 мая сильно скомпрометировала Романовых, и ко времени приезда в Москву (3 июня) Филарет уже не считался патриархом (формально — кандидатом в патриархи), а таковым стал Гермоген.