После взятия Тулы и пленения Болотникова и «царевича Петра» царь Василий распустил войско, а сам отправился в Москву, считая войну законченной.

Гермоген был возмущён, всеми силами он пытался заставить царя идти на Стародуб Северский, занятый Лжедмитрием II. Причём обвинить лично Василия Шуйского в глупости и трусости патриарх не решился, зато вволю обличал «советников лукавых», которые «царя уласкали в царствующий град в упокоение возвратиться, когда грады все украинные в неумиримой брани шли на него» и «ещё крови не унялось пролитие».

Но всё было напрасно. Пятидесятипятилетнему царю попал бес в ребро. 17 января 1608 года состоялась царская свадьба. Василий Иванович женился на Марье Петровне Буйносовой-Ростовской, которая была почти втрое моложе него. В летописи сказано, что патриарх молил царя отказаться от сочетания браком, но юная Машенька была куда милей царю, чем суровый старец.

Вскоре дела Шуйского пошли совсем плохо. Лжедмитрий II стал с войском в Тушине, его признали десятки русских городов. Царь Василий надоел и многим москвичам.

Первая попытка переворота произошла 17 января 1609 года в субботу на Масленице. Большая толпа заговорщиков во главе с Григорием Сунбуловым, князем Романом Гагариным и Тимофеем Грязным ворвалась в Кремль. Заговорщики обратились к боярам с требованием свергнуть Шуйского, но бояре разбежались по домам ждать исхода переворота. Один только боярин князь Василий Васильевич Голицын явился на площадь. Заговорщики ворвались в Успенский собор и потребовали от Гермогена идти на площадь, но тот отказался. Тогда патриарха потащили силой, по дороге обсыпая его песком и мусором, хватали за грудки и трясли. Заговорщики поставили Гермогена на Лобное место и объявили собравшемуся народу, что Шуйский избран царём незаконно.

Гермоген горой встал за Шуйского: «Сел он, государь, на царство не сам собою, выбрали его большие бояре и вы, дворяне и служилые люди, пьянства и никакого неистовства мы в нём не знаем. Да если бы он, царь, вам и неугоден был, то нельзя без больших бояр и всенародного собрания с царства свести». Тогда заговорщики закричали: «Шуйский тайно побивает и в воду сажает братью нашу, дворян и детей боярских, жён и детей, и таких побитых с две тысячи». Патриарх спросил их: «Как же это могло случиться, что мы ничего не знали? В какое время и кто именно погиб?» Заговорщики продолжали своё: «И теперь повели многих нашу братью сажать в воду, за это мы и стали». Гермоген опять спросил: «Да кого же именно повели в воду сажать?» В ответ заговорщики закричали: «Мы послали уже ворочать их, сами увидите!»