Митрополит Гермоген мог присутствовать при венчании Василия Шуйского 1 июня и произнести речь, а мог и вообще не быть в Москве. Речь же Пафнутия или Исидора могли впоследствии приписать Гермогену.

Гермоген не захотел участвовать или, по крайней мере, проявлять активность в глупейшем фарсе с чудесами вокруг гроба царевича Дмитрия в Архангельском соборе. И лишь когда весь спектакль закончился, 3 июля Гермоген официально принял сан патриарха.

Новый патриарх мог по мелочам конфликтовать с Шуйским, но во всех важных внутриполитических вопросах он безоговорочно поддерживал царя Василия. Естественно, делалось это не из любви к Шуйскому, а потому что Гермоген считал царскую власть единственной опорой русской государственности и православной церкви.

Одной из первых совместных акций патриарха Гермогена и царя Василия стала реабилитация царя Бориса Годунова и патриарха Иова. Раз царевич Дмитрий оказался расстригой Гришкой Отрепьевым, то все его акции по свержению династии Годуновых и патриарха Иова были незаконны.

Поздней осенью 1606 года царь и патриарх устроили народу новое шоу. По их приказу при огромном стечении народа вынули тела Годуновых из ямы в ограде Варсонофиевского монастыря. Останки Годуновых были уложены в гробы. Бояре и монахини пронесли гробы через всю Москву. Ксения Борисовна (инокиня Ольга) провожала гробы своих родных и по обычаю громко рыдала о своих несчастьях: «Ах, горе мне, одинокой сироте. Злодей, назвавшийся Дмитрием, обманщик, погубил моих родных, любимых отца, мать и брата, сам он в могиле, но и мёртвый он терзает русское царство, суди его, боже!»

Похоронили Годуновых в Троице-Сергиевом монастыре. Шуйский решил не хоронить Бориса в усыпальнице русских царей в Архангельском соборе, где уже покоились мощи царевича Дмитрия. Тогда получилось бы, что тела убитого и убийцы лежали бы рядом.

В начале 1607 года Шуйский придумал ещё одну душещипательную церемонию. 3 февраля царь вызвал к себе патриарха Гермогена и других высших духовных лиц, чтобы обсудить с ними государственные дела, а также велел привезти в Москву из Старицы бывшего патриарха Иова. Иов должен был простить всех православных христиан в их клятвопреступлениях.

В Старицу за Иовом отправился крутицкий митрополит Пафнутий с грамотой от Гермогена.

14 февраля Иова привезли в Москву в роскошной царской карете, подбитой соболями, и отвели ему покои на подворье Троицкого монастыря. 16 февраля Иов с Гермогеном и архиереями написали следующую грамоту: «Царь Иван Васильевич повелел царствовать на Российском государстве сыну своему Феодору Ивановичу; а второму сыну своему, царевичу Дмитрию Ивановичу, дал в удел город Углич, и царевича Дмитрия в Угличе не стало, принял заклание неповинное от рук изменников своих. По отшествии к богу царя Феодора Ивановича мы и всякие люди всего Московского государства целовали крест царю Борису Фёдоровичу. Во времена царства его огнедыхательный дьявол, лукавый змей, поядатель душ человеческих воздвиг на нас чернеца Гришку Отрепьева. Когда царя Бориса Фёдоровича не стало, все православные христиане целовали крест сыну его Фёдору Борисовичу; но грех ради наших расстрига прельстил всех людей божиих именем царевича Дмитрия Ивановича; православные христиане, не зная о нём подлинно, приняли этого вора на Российское государство, царицу Марью и царевича Фёдора злою смертью уморили, множество народа вошло в соборную церковь с оружием и дрекольями во время божественного пения и не дав совершиться литургии, вошли в алтарь, меня, Иова патриарха, взяли и, таская по церкви и по площади, позорили многими позорами, а в царских палатах подобие христова тела, богородицы и архангелов, что приготовлено было для плащаницы, раздробили, воткнули на копья и на рогатины и носили по городу, забыв страх божий. Потом этот враг расстрига, приехавши в Москву с люторами, жидами, ляхами и римлянами и с прочими осквернёнными языками и назвавши себя царём, владел мало не год и каких злых дьявольских бед не сделал и какого насилия не учинил — и писать неудобно. Люторами и жидами христианские церкви осквернил и, не будучи сыт таким бесовским ядом, привёз себе из Литовской земли невесту, люторской веры девку, ввёл её в соборную церковь, венчал царским венцом, в царских дверях святым миром помазал. Видя достояние своё в такой погибели, воздвиг на него бог обличителя, великого государя нашего, воистину святого и православного царя, Василия Ивановича: его промыслом тот враг до конца сокрушён был, а на Российское государство избран был великий государь Василий Иванович, потому что он от корени прежде бывших государей, от благоверного великого князя Александра Ярославовича Невского. Святая наша вера в прежний добрый покой возвратилась и начала сиять, как солнце на тверди небесной, святые церкви от осквернения очистились, и все мы, православные христиане, как от сна воспрянув, от буйства уцеломудрились. Но прегордый сатана восставил плевелы зол, хочет поглотить пшениценосные класы. Собрались той же преждепогибшеи Северской Украйны севрюки и других рязанских и украинских городов стрельцы и казаки, разбойники, воры, беглые холопы, прельстили прежде -омрачённую безумием Северскую Украйну, и от той Украйны многие и другие города прельстились и кровь православных христиан, как вода, проливается, называют мёртвого злодея расстригу живым, а нам и вам всем православным христианам смерть его подлинно известна...»