В конце 1606 года митрополит Казанский Ефрем публично отлучил от церкви дворян и посадских людей, выступивших на стороне Лжедмитрия II и нарушивших крестное целование царю Василию. В результате жители города Свияжска, поцеловавшие было крест Лжедмитрию II, принесли повинную Василию Шуйскому. Конечно, сейчас трудно сказать, что более повлияло на свияжцев — анафема Ефрема или поражение Болотникова под Москвой?

22 декабря 1606 года Гермоген отправил разрешительную грамоту митрополиту Ефрему. Гермоген представил дело так, что он уговорил царя не карать строптивых свияжцев за измену На самом деле Шуйскому было политически не выгодно карать перебежчиков, да и сил у него недоставало. А теперь их прощает и сам патриарх, снимая проклятие Ефрема: «И великий государь... по своему царскому милосердному обычаю и по нашему прошению их пожаловал, вины их им отдал. Да и мы, полагаюся на судьбы, паче же и на щедроты божия, их також соборне простили и разрешили... А свияжен бы еси, сыну, дворян, и детей боярских, и всяких людей простил и разреши и приношение у них к церквам божиим приимати велел по прежнему».

А Ефрему патриарх даёт конкретное указание следить за своими подопечными, причём называет конкретных попов, правда, не по именам, а по названиям церквей: «Да и в Казани б если оберегал от тое смуты накрепко, чтобы люди божии не погибали душою и телом. Да смотрел бы еси и над попы накрепко, чтобы в них воровства не было. А больши всех смотри над Софейским, да над Покровским, да над Ирининским — тольке они не переменят своих обычаев, и им в попах не быти!»

Гермоген оказывает Шуйскому не только моральную, но и материальную поддержку. Он передал царю Василию большую часть патриаршей казны, обложил самые богатые монастыри огромным принудительным безвозвратным займом в пользу царя. Особенно пострадали Иосифо-Волоколамский и Троице-Сергиев монастыри. Келарь последнего Авраамий Палицын писал «о последнем грабеже в монастыре от царя Василия».

«Благочестивый царь» немедленно пустил на переплавку драгоценную церковную утварь, чем добыл довольно приличные запасы золота. В результате церковных экспроприаций Василий Шуйский первым из московских властителей стал в начале 1607 года чеканить золотые монеты. Естественно, что большинство этих золотых монет ушло на оплату русских и иностранных наёмников.

7 июня 1607 года войска князя Андрея Голицына разбили войско Болотникова на реке Восме. Получив известие о победе, Гермоген немедленно разразился «богомольной» грамотой. В грамоте традиционно обличались противники Шуйского, «восстающи на церкви божии и на христианскую нашу истинную веру». Замечу в скобках, что в войске Болотникова почти не было поляков. Было, правда, несколько немцев-лютеран, которые исправно служили ещё царю Борису. Победу на Восме, по мнению патриарха, обеспечило вмешательство свыше: «И такая, сыну, великая победа благочестивому государю нашему... совершилась милостью небесных сил».