Весной 1929 года Анциферов был арестован ГПУ по делу религиозного кружка «Воскресенье», которому инкриминировалось «воскресение старого режима», и отправлен на три года в Соловецкие лагеря особого назначения. В этом же году скончалась от туберкулеза Татьяна Николаевна. Из лагеря в 1930 году его привезли в Ленинград для нового следствия по делу Академии наук, и в частности Центрального бюро краеведения, обвиняемого в подпольной контрреволюционной деятельности. К прежнему сроку добавили два года, и Анциферов снова оказался в лагере в Медвежьей Горе на строительстве Беломорско-Балтийского канала[1368].

Осенью 1933 года, сразу после освобождения, Анциферов приехал в Детское Село повидаться с детьми, которые жили у сестры жены – Анны Николаевны. По совету друзей, опасавшихся нового ареста, в 1934 году он перебрался в Москву. В 1934–1935 годах Анциферов заведовал водным отделом Музея коммунального хозяйства (ныне Музей истории и реконструкции Москвы). В эти годы он женился на Софье Александровне Гарелиной, с которой был знаком по экскурсионной деятельности с начала 1920‐х. В 1936 году он начал работать в Литературном музее, но весной 1937 года был вновь арестован. Пройдя тюрьмы (Лубянку, Таганку, Бутырку), Анциферов получил восемь лет за «контрреволюционную деятельность» и был этапирован в Уссурийский лагерь. Английский историк Роберт Конквест в исследовании «Большой террор» отмечает, что в 1939 году главная волна арестов пошла на спад, часть заключенных была выпущена на свободу. Среди этих счастливцев оказался и Николай Павлович. «Дело мое прекращено, – сообщал он Георгию Штерну 17 декабря 1939 года, вскоре после приезда в Москву, – я возвращен жизни»[1369].

Необходимо отдать дань мужеству Владимира Дмитриевича Бонч-Бруевича, который не только сразу восстановил Анциферова в Литературном музее и выплатил пособие, но и оказывал содействие в публикации его книг (несколько из них вышло под редакцией Бонч-Бруевича).

Московский период деятельности Анциферова выходит за рамки настоящей статьи. Отметим только, что в 1940–1956 годах он работал в Литературном музее, занимал должность ученого секретаря, заведовал отделом. Николай Павлович готовил выставки, посвященные Пушкину (1937 и 1949), Герцену, Гоголю, Грибоедову, Лермонтову, Ломоносову, Майкову, Тютчеву и другим русским писателям и поэтам, участвовал в создании музеев Герцена, Достоевского, Тургенева, Чехова; выпустил 8 книг и около 40 статей[1370].

К «петербургской» теме Анциферов вновь возвратился в годы войны. В 1944 году он защитил в Институте мировой литературы кандидатскую диссертацию «Проблемы урбанизма в русской художественной литературе (Опыт построения образа города – Петербурга Достоевского – на основе анализа литературных традиций)»[1371]. В своем отзыве на эту работу Борис Томашевский, ходатайствуя о присуждении ее автору докторской степени, дал высокую оценку Анциферову как исследователю Петербурга: «В данной работе выдвинута и разработана новая проблема. <…> Проблема изучения города в изображении художественной литературы – не только частная тема литературоведения. <…> От автора подобных исследований требуется, чтобы он соединял в себе и качества литературоведа и качества историка. <…> Мало того – требуется тонкое и детальное знакомство с самим материалом, т. е. конкретное знание самого изображаемого города. Кроме того, изучение темы города неразрывно соприкасается с рядом прикладных областей литературоведения, с экскурсионной практикой, музейной работой и специфическими формами популяризации и пропаганды литературы. <…> По прежним работам Н. П. Анциферова, по всей его многообразной научной деятельности мы знаем, что он в высшей степени владеет всеми этими знаниями и всем этим умением. <…> Ни для кого не является тайной, что инициатором и главным представителем в разработке этой темы является Ник. Пав. Анциферов…»[1372]