И снова Вильнёв вывел свой флот в море, не встретив сопротивления. Плавание началось 30 марта. Он принял на борт подкрепление в Кадисе и 9 апреля взял курс на Вест-Индию. В распоряжении Вильнёва было 18 линкоров, 12 французских и 6 испанских. Нельсон был в море 3 апреля и уже на следующий день узнал, что французы покинули Тулон. Он снова предположил, что их путь лежит на восток, но на этот раз он попытался перехватить их между Сардинией и африканским побережьем. Только 9-го, находясь у Сицилии, Нельсон пересмотрел свой прогноз и решил, что они или уйдут из Средиземного моря, или вернутся в Тулон. 18-го он узнал, что французы десятью днями раньше прошли Гибралтарский пролив.
Остаток Трафальгарской кампании можно суммировать несколькими словами. Вильнёв направился в Вест-Индию, 14 мая подошел к Мартинике и 9 июня ушел из Антигуа в Европу, провел ничего не решивший бой с Кальдером у мыса Финистерре и вошел в Виго 26-го. Нельсон двигался следом. Он 4 июня подошел к Барбадосу, 13-го – к Антигуа, сразу опять вышел в море и подошел к входу в Гибралтарский пролив 18 июля. Вильнёв перешел в Ферроль 1 августа и ушел оттуда 13-го, теперь с 29 линкорами, не встретился с эскадрой Аллемана из Рошфора, отказался от попытки войти в канал и 20 августа прибыл в Кадис. Что касается британской стороны, и Кальдер, и Нельсон двигались в северном направлении и 14 и 15 августа соединились с флотом Корнуоллиса в районе Уэссан. Корнуоллис сразу отправил Кальдера с 18 линкорами на соединение с Коллингвудом у Кадиса. Соединение имело место 30 августа, и с тех пор франко-испанский флот находился под постоянным наблюдением вплоть до разгрома в Трафальгарском сражении 21 октября.
В конце мая создалось впечатление, что великий план Наполеона, предусматривавший вторжение в Великобританию, может исполниться. Однако отступление Вильнёва к Ферролю разрушило иллюзии, по крайней мере у Наполеона, и 13 августа император подписал приказ, повернувший его армию на Австрию. До этого времени австрийско-русская коалиция оставалась не вполне сформировавшейся, хотя эти страны считались союзниками с апреля. Действия самого Наполеона, объявившего себя «королем Италии», а не «президентом Итальянской республики» в мае, и в июне аннексировавшего Геную, решили исход дела. Царь разорвал отношения с Наполеоном, а Австрия согласилась поддержать Россию. Швеция также вошла в коалицию, но Пруссия решила остаться нейтральной.
8 сентября австрийцы вошли в Баварию и обнаружили, что курфюрст принял сторону Франции. Для Австрии последовавшая кампания обернулась катастрофой. Армия под командованием Мака была окружена в районе Ульма, и 19 октября 50-тысячная армия капитулировала. Наполеон 13 ноября вошел в Вену, в декабре разгромил австрийцев и русских при Аустерлице и вынудил Австрию к позорному миру, подписанному 26 декабря в Пресбурге (Братислава). Одним из главных его положений была уступка Венеции, Истрии и Далмации Наполеону, как королю Италии.