Сотрудничество британского и российского флотов было дружеским, но недолговечным. Получив сообщение о Тильзитском мире, которое 24 августа доставил транспорт «Херсон» с Корфу, Сенявин сразу проинформировал Коллингвуда, что должен воздержаться от дальнейших действий против Турции, и двумя днями позже увел весь свой флот к Тенедосу. Правда, он не слишком хорошо понимал, чего от него ждут. Но эта неопределенность была ликвидирована 4 сентября прибытием очередных депеш, в которых было сказано, что Тенедос следует вернуть Турции, все территории в районе Адриатики, оккупированные русскими, должны быть переданы Франции, а русские суда на Средиземном море должны как можно скорее вернуться к портам приписки.
Сенявин оказался в трудном положении. Да, в тот момент Россия находилась в состоянии мира и с Францией, и с Британией, но не приходилось сомневаться, что такое положение дел не продлится долго. Друг Франции почти автоматически становился врагом Британии, и нападение на Данию наглядно продемонстрировало, что у нейтралов не будет шанса добавить свои флоты к тем, что уже и так находятся под контролем французов. Можно было бы предположить, что русский флот на Средиземном море воспользуется преимуществом, даваемым турецким перемирием, чтобы достичь безопасности Черного моря, но об этом, похоже, никто не думал, разве что речь шла о кораблях Черноморского флота и некоторых незначительных мелких судах. Остальные корабли принадлежали к Балтийскому флоту и должны были уйти на Балтику.
Учитывая эти соображения, Сенявин 7 сентября увел часть флота с Тенедоса на Корфу. Грейг с тремя линкорами последовал за ним 26-го. На Корфу уже было несколько русских кораблей – «Азия» 74 (из Черноморского флота), «Ярослав» 74, «Седель-Бахр» 8412, «Венера» 50 и несколько судов меньших размеров, но Корфу теперь стал иностранной территорией – передача его Франции имела место 3 сентября. На участке, расположенном немного севернее, Баратынский, который в отсутствие Сенявина осуществлял блокаду Рагузы и далматинского побережья – в его распоряжении были корабли «Св. Петр» 74, «Москва» 74, «Параскевия» 74 (из Черноморского флота), «Легкий» 44, «Автроил» 32 и еще несколько мелких судов, – имел несколько коротких стычек с французскими войсками, передал французам русские владения в Которском заливе и 26 августа увел флот в Венецию, где должен был высадить русские войска, коим предстояло вернуться домой по суше.
Зайдя в Пиран, что в Истрии, чтобы принять на борт венецианских лоцманов, Баратынский узнал от капитана Кэмпбелла с британского фрегата «Юните», что Венеция в блокаде и он (Кэмпбелл) должен предотвращать любые попытки входа в порт. Поэтому Баратынский направился в Триест и отправил гонца в Вену за инструкциями от русского посла. Тот ответил очень быстро. Баратынскому следовало выполнить первоначальный приказ, независимо от последствий. 21 сентября Баратынский прибыл в Венецию и высадил войска, так и не заметив никакого блокирующего флота. Затем он вернулся в Пиран и там получил приказ Сенявина как можно скорее присоединиться к нему на Корфу. 28-го он вышел в море, оставив «Легкий» для защиты от возможных британских нападений на возвращающиеся транспорты, и 1 октября прибыл на Корфу.