В тот же день Сенявин отбыл с Корфу на Балтику с 10 линкорами из его прежнего флота, а также кораблями «Венера», «Кильдуин» и «Шпицберген». Он оставил Баратынскому приказ следовать за ним с кораблями «Св. Петр», «Москва», «Легкий», «Автроил» и привести с собой захваченный «Седель-Бахр». Корабли Черноморского флота с некоторыми малыми судами с Балтики должны были следовать в Севастополь под командованием коммодора Салтанова с «Параскевии».

Прежде чем перейти к другим событиям, следует завершить рассказ о русском средиземноморском флоте. Через несколько дней он попал в полосу непогоды. «Уриил» получил несколько пробоин, и его пришлось отправить обратно на Корфу для ремонта, но сначала его грот-мачта была переправлена на «Селафаил», получивший повреждения такелажа. 17 октября русские прошли Гибралтарский пролив. Дальше им пришлось преодолевать встречный ветер, и продвижение вперед шло настолько медленно, что 6 ноября они лишь миновали широту Лиссабона.

Затем, хотя ветер и стал попутным, он оказался настолько порывистым и сильным, что почти все корабли получили повреждения. Нужен был срочный ремонт, и Лиссабон оказался ближайшим портом, где его можно было выполнить. 1 ноября Сенявин завел свой изрядно потрепанный флот в устье Тахо.

Русские прибыли в Португалию в один из кризисных моментов ее истории. Французская армия шла через Испанию, чтобы оккупировать Лиссабон – как друзья или враги – и, если получится, завладеть португальским флотом. В тот момент принц-регент был склонен стать на сторону французов и уже отдал приказ об аресте британских подданных и их имущества. Однако прибытие девяти линкоров под командованием сэра Сидни Смита и установление 17 ноября блокады быстро изменили его позицию. Спустя десять дней он получил шанс сдать свой флот британцам или использовать его для транспортировки своей семьи и правительства в Бразилию. Он принял второй вариант, и 29-го все годные к эксплуатации португальские корабли, а также торговые суда вышли из Тахо в сопровождении британской эскадры. На следующий день в Лиссабон вошли французы.

Пока положение Сенявина представлялось неплохим, но оставалось таковым недолго. В середине декабря пять британских линкоров вернулись к устью Тахо, где к ним вскоре присоединились еще пять кораблей, пришедших из Англии. Они привезли весть о начале войны между Британией и Россией. С тех пор русские корабли оказались в блокаде и оставались на месте до сентября 1808 года, когда по соглашению с сэром Чарльзом Коттоном, который тогда командовал флотом, блокировавшим Тахо, Сенявин сдал свои корабли. Он выдвинул условие, что корабли будут возвращены России, когда будет восстановлен мир, а он и его люди будут немедленно перевезены в Россию.