Во время Наваринского сражения Кокрейн находился у Пороса, что на другой стороне Морей, готовясь выйти в море и поддержать экспедицию полковника Фабвьера. Она стартовала 21 октября из Псары, а оттуда отплыла 27-го. Кокрейн на «Хелласе» в компании с «Сувениром» и «Гидрой» (захваченный корвет) ушел с Пороса в тот же день и прибыл на Хиос 30-го. К этому времени греческие войска уже были на берегу два дня. Корабли бросили якоря в некотором удалении от замка. Кокрейн поднял британский, французский, русский и греческий флаги, а также турецкий под русским, дал салют из 21 орудия, но больше не сделал ничего. Капитан французского фрегата «Юнона», уже предупредивший 21-го греческие власти на Сире, что экспедиция на Хиос будет рассматриваться как выходящая за допустимые границы греческих военных операций, 31-го поднялся на борт «Хелласа» и поведал Кокрейну о письме, подписанном тремя адмиралами 24-го. В этом письме они уведомляли, что не допустят «крейсерства и блокады греками за пределами границ от Волоса до Лепанто, включая Саламин, Эгину, Гидру и Специю». На следующий день Гамильтон с «Кэмбриана» показал ему копию письма, и Кокрейн признал необходимость подчиниться. Он увел свои корабли обратно на юг Греции и провел вторую половину ноября, блокируя Корон, Модон и Наварин.

В начале декабря он вернулся на Эгину за инструкциями, ввиду того что в Наварине все еще оставались враждебные силы, превосходящие его собственные. При этом он отказался посылать свои корабли на Хиос и пожаловался, что его лишили доходов, положенных ему для содержания флота. В конце концов он решил вернуться в Англию, рассчитывая найти там средства и подкрепления. Поэтому он передал «Хеллас» Миаулису и в январе 1828 года отбыл на шхуне «Юникорн» в Англию. В сентябре он вернулся в Грецию на новом пароходе «Меркурий», но обнаружил, что его услуги больше никому не нужны. Египетская армия покидала Грецию, а турецкого флота, с которым можно было воевать, не было. И в декабре 1828 года он покинул Грецию, но не на корабле флота, которым еще недавно командовал, а на русском корвете «Гремящий», предоставленном в его распоряжение Гейденом.

На Хиосе греки заняли все, за исключением самой крепости, без особого труда, но с крепостью дело застопорилось. Корабли, оставшиеся там после ухода Кокрейна, пытались, но тщетно, не допустить подвоза снабжения и подкрепления для гарнизона. Брандерная атака, устроенная Канарисом, была успешной и уничтожила несколько судов, но спустя всего неделю к крепости пришли другие, и им никто не смог помешать. Так продолжалось и дальше. Во время первых двух месяцев осады остатки турецкого флота покинули Наварин. Тахир-паша отплыл в Константинополь и увел с собой несколько небольших судов. Остальной флот вышел в море 19 декабря и прибыл в Александрию 27-го в очень плохом состоянии. Тем временем союзники пребывали в относительном бездействии: Кодрингтон и Гейден – на Мальте, де Риньи – в Смирне. Вскоре после прихода на Мальту «Генуя» была послана в Англию, в конце декабря за ней последовали «Азия» и «Альбион». «Уорспайт» 74 присоединился к флоту Кодрингтона из Лиссабона в конце ноября и вскоре был послан на Анкону и на Корфу, чтобы установить связь с Каподистрией, новым главой греческого правительства. Периодически прибывающие фрегаты направлялись в Архипелаг или к египетскому побережью.