Положение русского флота на Средиземноморье было весьма туманным. Россия и Турция уже несколько месяцев пребывали в состоянии войны, и русский Черноморский флот использовался довольно-таки активно. Но Гейден с середины июня считался невоюющей стороной и действовал только вместе с британцами или французами по условиям Лондонского соглашения. Непонятно, насколько его «невоюющий» статус был очевиден друзьям или потенциальным врагам. В любом случае Кодрингтон в начале августа потребовал, чтобы Гейден «убрал свою враждебность на Черное море, пока не будет эвакуирована Морея». А бриг «Ахиллес», несколько позже посланный на Крит с депешами для Томпсона с корабля «Ревендж», который отвечал за блокаду острова, был обстрелян береговыми батареями Суды. Гейден уже совсем было собрался послать два 74-пушечника, «Иезекииль» и «Александр Невский», вместе с «Ахиллесом», чтобы атаковать Суду, действуя вместе с греческими повстанцами на берегу, но его отговорил Малколм, настаивавший, чтобы все операции выполнялись тремя флотами вместе и без греков.
Мезон рвался в бой, желая во что бы то ни стало использовать свою армию, и задержка прибытия второго конвоя из Египта изрядно затруднила положение трех адмиралов, которые лишь с большим трудом его сдерживали. 5 сентября он перевел часть своей армии ближе к Корону, и де Риньи решил, что его долг поддержать соотечественника. Он послал «Амфитрит» для поддержки с моря. Ибрагим немедленно приказал остановить погрузку войск, и в течение нескольких дней ситуация оставалась критической. Только прибытие 16-го оставшихся египетских транспортов показало, что соглашение выполняется египетской стороной. К 27-му большая часть египетской армии уже была погружена на суда, но де Риньи было необходимо использовать какое-то количество французских кораблей, чтобы сопроводить остальных. Ибрагим посетил смотр французских войск 1 октября и 5-го отбыл с последним отрядом своей армии. 9-го он вернулся в Александрию после трехгодичного отсутствия.
Как только египетская полевая армия ушла, французы оставили без внимания договоренности Кодрингтона и потребовали капитуляции крепостей, продолжение оккупации которых было специально оговорено. Наварин, Модон и Корон сдались после символического сопротивления, а Патры были заняты вторым французским контингентом, который высадился там в начале октября. Единственное реальное сопротивление оказал гарнизон Кастель-Торнезе, Шато-дю-Морей или Рио, южной из двух крепостей, господствующих над узкостью между Патрасским и Коринфским заливом. Здесь пришлось начать регулярную осаду и призвать на помощь часть первоначальной французской армии и внушительную поддержку с моря. Ее оказали три французских фрегата – «Дучесс де Берри», «Армид» и «Дидона», а также британский фрегат «Блонд» и бомбардирский корабль «Этна». «Конкеран» де Риньи и «Бреслау» оставались в резерве71. Орудия, выгруженные с кораблей, 22 октября открыли огонь, и массированный обстрел, к которому 31-го подключилась «Этна», привел наконец к капитуляции. Турки в крепостях на другой стороне пролива легко пришли к выводу, что вмешиваться не стоит.