Предложение сдаться было тотчас отвергнуто, и последовал короткий обстрел. Затем началась высадка, в которой участвовали и Нейпир, и Уокер, и эрцгерцог Фридрих. После упорной борьбы город сдался. Некоторые пленные оказались в Джунии тем же вечером. И сам Нейпир, оставив Беркли у Сидона, прибыл туда, как и обещал, на следующий день.

С падением Сидона союзники стали получать все более активную поддержку населения страны и смогли начать планирование нападения на Бейрут. Нейпир, снова ставший генералом, должен был действовать в соединении с местными нерегулярными войсками и преградить египтянам путь к отступлению, в то время как корабли Стопфорда атаковали с моря. Эти планы были сорваны неожиданной эвакуацией города, которую Солиман-паша провел в ночь на 9 октября. В тот же день Стопфорд написал Нейпиру, что сэр Чарльз Смит вернулся к исполнению своих обязанностей главнокомандующего наземными силами и он не должен предпринимать никаких действий до дальнейших распоряжений. 10-го он написал, что падение Бейрута полностью изменило ситуацию и теперь Нейпир должен отойти к берегу. Этот же приказ он подтвердил, несмотря на протесты Нейпира.

Вместо того чтобы подчиниться, Нейпир поступил наоборот. И хотя он столкнулся с Ибрагимом, а не с Солиманом, и еще не установил контакт с союзниками, но все же атаковал и благодаря личной храбрости одержал решающую победу. Если бы его постигла неудача, ему несомненно пришлось бы предстать перед военным трибуналом. А так он получил от Стопфорда письмо с поздравлениями. После этого он вернулся на «Пауэрфул» и снова приступил к обязанностям коммодора.

Триполи был эвакуирован 17 октября после подхода австрийского корвета «Клеменца» 21, и единственным еще не взятым прибрежным городом осталась Акра. В короткий промежуток между взятием Сидона и наступлением на Бейрут Нейпир нашел время для разведки на пароходе «Гидра» и решил, что не видит «трудностей, которые нельзя преодолеть». Теперь и он, и Уокер требовали от Стопфорда приказа атаковать эту самую сильную и важную позицию противника.

В качестве первого шага Уокер на корабле «Мукадим-и-Хаир» в компании с пароходами «Горгона» и «Феникс» призвали гарнизон сдаться. 25 октября, после присоединения кораблей «Тандерер», «Ревендж» и «Талбот» 26 – последний прибыл совсем недавно, – он поднял флаги перемирия и на турецком корабле, и на «Горгоне», на которую перешел. Не получив никакого ответа с берега, он ушел к Сидону, где доложил Стопфорду об отсутствии прогресса, после чего Стопфорд отозвал отосланные в разных направлениях корабли и повел весь флот к Бейруту. Уокер вернулся на свой флагман, привел его к Акре и случайно открыл огонь. К счастью, ответного огня с берега не последовало. Потом он отплыл к Бейруту и прибыл туда 30 октября, обнаружив, что экспедиция снова готова выйти в море.