С 1931 года Иофан работал над проектом Дворца Советов, а также занимался организацией архитектурных конкурсов; разрабатывал конкурсные проекты (высшие премии 1931 и 1933 годов) и утвержденный вариант композиции с гигантской башней, увенчанной статуей Ленина (совм. с В. А. Щуко и В. Г. Гельфрейхом). Он поддержал решение о необходимости сноса Храма Христа Спасителя, о котором писал: «Пролетарская революция смело заносит руку над этим грузным архитектурным сооружением, как бы символизирующим силу и вкусы господ старой Москвы»; по мнению Иофана, храм «давил на сознание людей своей казенной, сухой бездушной архитектурой».

Успех в глазах Сталина Иофан закрепил своим участием в проектировании советских павильонов на Всемирных выставках в Париже (1937) и в Нью-Йорке (1939). Другие работы: станция метрополитена «Бауманская» (1939-1944), лабораторный корпус Института физических проблем на Воробьевском шоссе (1944-1947; совм. с Е. Н. Стамо), Институт нефти и газа (1949-1956).

Университет на Ленинских горах стал последним крупным проектом Иофана. Никому другому не была так близка идея строительства здесь небоскреба, как ему, так как все высотные дома, согласно поставленной перед архитекторами задаче, должны были быть ориентированы на Дворец Советов. При проектировании этой высотки Иофан применил во многом те же методы, что и при создании дворца.

Воробьевы горы издавна привлекали к себе внимание властей предержащих. В XVII веке здесь стояли загородные дворцы русских царей.

В веке XIX Воробьевы горы были избраны в качестве площадки для строительства Храма Христа Спасителя по проекту архитектора Александра Витберга. Работы начались в 1823 году и остановились довольно скоро - в 1826 году. Причиной послужили неподходящие природные условия - оползневый склон, скрывающий в своей глубине разветвленную систему родников, разрушающих гористую местность. Невозможной оказалась и доставка по Москве-реке судов с камнями для строительства (просто проклятье какое-то!). Уровень воды в реке был недостаточно высоким, для чего уже тогда было решено соединить Москва-реку с Волгой. Но искомого результата достичь не удалось (соединение рек было осуществлено уже при Сталине, но и после этого Москва не стала морским портом, как того хотели большевики).

Интересно скрещение судеб двух архитекторов - Иофана и Витберга. Оба они были отстранены от работы, так и не увидев свои проекты воплощенными на Воробьевых горах. Архитектор Александр Витберг в 1835 году после долгого расследования был обвинен в растрате, осужден и сослан в Вятку. У зодчего Бориса Иофана в 1948 году также отобрали при весьма неприятных для него обстоятельствах почти завершенный им проект. Правда, в Сибирь его не отправили. Но уже сам факт отстранения от работы оставил у него на сердце тяжелую рану.