На сооружении канала его главный инженер Комаровский зарекомендовал себя «выдающимся организатором», а потому получил повышение по службе и с 1939 года работал заместителем наркома Морского флота по строительству.

Во время Великой Отечественной войны Комаровский - начальник управления по строительству оборонительных сооружений Главного управления оборонительных работ НКВД СССР, командующий 5-й саперной армией и замначальника Главного управления оборонительных работ Наркомата обороны (строил оборонительные рубежи под Харьковом, Сталинградом). С января 1942 года - начальник Управления строительства Челябинского металлургического завода, где Комаровский вновь проявил свои недюжинные организаторские способности. Завод в Челябинске был построен в чистом поле и уже через год стал выплавлять первую сталь. Под началом Комаровского на стройке вкалывало свыше 44 тысяч человек, трудомобилизованных граждан, советских немцев и заключенных. За тот год из их числа осталось в живых лишь 50 %, остальные были расстреляны, умерли от голода и отсутствия необходимой медпомощи.

В 1943 году Комаровскому присвоено звание генерал-майора инженерно-технической службы. С 1944 года Комаровский - начальник Главпромстроя НКВД СССР. После войны так или иначе был связан с атомным проектом. Под его руководством построены первая советская атомная электростанция в Обнинске, комбинат «Маяк», Челябинск-40 и другие объекты. В 1948 году Комаровского неожиданно для него перебрасывают в Москву, на строительство двух высотных зданий - на Ленинских горах и в Зарядье. Сам этот факт говорит о том, что Сталин придавал первоочередное значение осуществлению высотного проекта в столице, даже в ущерб атомному проекту. Когда на Политбюро решался вопрос, кому поручить строительство МГУ, Сталин сам назвал фамилию генерала: «Надо поручить Комаровскому».

Активное использование труда заключенных советских граждан является обратной стороной достижений страны социализма, одним из которых и было создание нового и современного университета в Москве. Это тоже была отличная от американской наша, советская «технология», о ней, правда, не писали в газетах. А писали о том, что, например, на Ленинских горах высотное здание ударно возводят 3000 комсомольцев-стахановцев. Однако в действительности здесь работало гораздо больше людей. Да что бы они могли построить, эти несколько тысяч комсомольцев? Специально для строительства университета в конце 1948 года в МВД был подготовлен приказ об условно-досрочном освобождении из лагерей нескольких тысяч заключенных, имевших строительные специальности. Остаток срока они провели на сооружении МГУ (и Москву посмотрели с высоты птичьего полета!).