Особого внимания заслуживает огромная работа, проводившаяся оперативным составом на кораблях боевой службы и загранплавания. Была отработана система контрразведывательного обеспечения. Она осуществлялась на плановой основе с учетом директив командования о составе отрядов боевых кораблей, сроков выхода в море и возвращения на базу, районов плавания и портов захода. В походе оперработник был оторван от своего руководства и должен был самостоятельно решать контрразведывательные задачи, беря на себя всю полноту ответственности. Контрразведчики принимали участие в инструктаже старших сходящих на берег «пятерок» и вахт ПДСС[327], контролировали увольнение на берег и возвращение личного состава на корабль, качество проверки наличия членов экипажа на борту. Заслуживающая внимания информация немедленно докладывалась начальнику Особого отдела эскадры или старшему оперативной группы. Практиковались регулярные встречи руководителей с оперативным составом в океане или при заходах кораблей во главе с флагманом в иностранные порты. Благодаря усилиям военных контрразведчиков не раз предотвращались вербовочные подходы сотрудников иностранных спецслужб к советским морякам, попытки бегства за границу и другие чрезвычайные происшествия, обеспечивался надлежащий режим секретности и охраны кораблей при заходах в иностранные порты.

Контрразведывательное обеспечение подводных лодок имело свою специфику. Усилия оперсостава концентрировались на контроле за соблюдением режима секретности и несением вахты на центральном посту, в ракетном и торпедном отсеках, на пульте ГЭУ[328], недопущении чрезвычайных происшествий, связанных с нарушением правил обеспечения ядерной безопасности ракетно-ядерного оружия, ГЭУ. Такая работа требовала глубоких военно-технических знаний, настойчивости в разрешении возникавших проблемных ситуаций.

Известно, что главной причиной всех катастроф являлся «человеческий фактор» — так, в 1985 году именно по этой причине вышли из строя сразу три атомные подводные лодки. В ряде случаев возможных аварий удалось избежать именно благодаря решительности и принципиальности сотрудников военной контрразведки. К примеру, в 1990 году по информации Особого отдела КГБ по 2-й флотилии АПЛ Тихоокеанского флота не были выпущены в море в установленные сроки четыре подводные лодки. Причинами стали серьезные недостатки в их техническом состоянии и неудовлетворительное комплектование экипажей — одна из лодок до конца года вообще не вышла на боевую службу и была поставлена в ремонт. При разрешении этой ситуации контрразведчикам пришлось преодолеть сильное противодействие, но комиссия из штаба флота, направленная на эти подлодки, полностью подтвердила информацию Особого отдела.