По выявленным фактам злоупотреблений и должностных преступлений, неблагополучной обстановке в подразделениях МВД на местах третьими подразделениями КГБ — УКГБ было представлено в партийные органы, прокуратуру и МВД более шестисот информационных документов, по которым приняты соответствующие решения, вплоть до ареста ряда сотрудников милиции.
К примеру, в 1983 году были привлечены к уголовной ответственности бывшие сотрудники ГУВД Мосгорисполкома М. и Р., которые занимались составлением фиктивных актов об уничтожении хранящегося на складе изъятого у населения оружия, которое они затем перепродавали преступникам. У задержанных было изъято ценностей на сумму более 200 тысяч рублей.
Стремительный рост уровня преступности начался в эпоху «перестройки», породившей философию вседозволенности и коммерциализацию буквально всех сторон жизни общества. Эти негативные проявления сказались и на вооруженных силах. Уже в 1985 году военными контрразведчиками было вскрыто 215 крупных хищений на сумму 2 миллиона 270 тысяч рублей, 56 случаев приписок и очковтирательства, нанесших ущерб на сумму свыше 45 миллионов рублей. Обо всех этих фактах были проинформированы органы прокуратуры.
С информации военной контрразведки по признакам контрабанды и нарушения правил о валютных операциях в 1984 году было возбуждено 46 уголовных дел, а в 1985 году — 34. В результате в 1985 году в доход государства было обращено изъятых у преступников товаров и ценностей на сумму более 2 миллионов рублей, 23 тысячи марок ГДР, 77 тысяч форинтов Венгрии.
В 1989 году Верховный Совет СССР принял постановление «О решительном усилении борьбы с преступностью», с требованием от всех правоохранительных органов более активно работать по выявлению и пресечению преступных деяний. Для решения задачи в органах военной контрразведки были созданы внештатные опергруппы — два-три сотрудника — по борьбе с организованной преступностью.
В условиях начавшегося распада страны бороться с набиравшей силы оргпреступностью было трудно, хотя военным контрразведчикам и удалось добиться конкретных результатов. Были выявлены факты «сращивания» ряда должностных лиц с преступными элементами, направления за границу под видом вторсырья стратегических материалов и даже боевой техники. Особую опасность представляли попытки преступных формирований привлекать военнослужащих и армейских спортсменов в качестве своих «боевиков».
В течение 1988–1990 годов органам военной контрразведки совместно с военной прокуратурой и МВД удалось пресечь деятельность пяти группировок — в частности, разоблачить группу из военнослужащих и гражданских лиц, похитивших со склада Московского военного округа 644 пистолета. За этот период военной контрразведкой, совместно с командованием, прокуратурой, территориальными органами КГБ и МВД, было разыскано 1324 единицы похищенного оружия, 1028 гранат, значительное количество боеприпасов.