Однако для понимания происхождения не только иглокожих, но и хордовых, вплоть до человека, эти червевидные создания весьма важны. У них есть жесткое выпячивание кишки, которое называется стомохордом (от греч. στοµα – рот и χορδη – струна, сделанная из кишки) и несколько напоминает хорду. Эта «струна», одетая в коллагеновую оболочку, служит опорой для «сердечно-почечной» сети, густо оплетающей стомохорд. Личинка у полухордовых двусторонне-симметричная, плавающая и питающаяся с помощью пары венчиков из крупных ресничек, причем околоротовой венчик фестончатый. И личинка эта – такая же, как у некоторых иглокожих (хотя и развивается в двусторонне-симметричный организм). А еще у них есть несколько пар симметрично расположенных жаберных щелей, через которые кишечник сообщается с внешней средой (потому часть их них и называется кишечнодышащими, хотя мы, хордовые, почти все такие). Все это роднит полухордовых и с древними иглокожими, и со многими первичноводными хордовыми вплоть до настоящих рыб. Молекулярные биологи уверены, что полухордовые являются ближайшими родственниками именно иглокожих, и объединяют их в группу амбулакрарии (Ambulacraria). Само название еще в 1869 г. предложил биолог Илья Ильич Мечников, который пришел к таким же выводам, изучая особенности личиночного развития этих животных.

Первыми среди полухордовых в палеонтологической летописи отметились кишечнодышащие. Древнейший представитель группы – спартобранхус (Spartobranchus) из сланца Бёрджесс (505 млн лет назад), конечно, выглядел червяк червяком. Это существо, 10 см длиной, ползало по дну, возможно, зарывалось по самый воротничок в осадок и процеживало воду с помощью жаберных щелей (а не собирало всякий «мусор» со дна, как делают нынешние кишечнодышащие). Действительно, у спартобранхуса был и вытянутый конический хоботок с ротовым отверстием у основания, и воротничок, отделявший хоботок от туловища (в передней части которого прорезались жаберные щели; рис. 28.2.1). Однако, что самое интересное, у него был органический решетчатый жаберный скелет, окружавший начало кишечника (который тоже прекрасно виден). Этот скелет оказался сложнее, чем у его современных родственников, и похож на таковой позвоночных. Наверное, не случайно генный комплекс, отвечающий за развитие хрящевого скелета и жаберных щелей у полухордовых, тот же самый, что и у их недалеких родственников – хордовых. Судя по молекулярно-генетическим данным, хрящевой скелет мог быть и у предков иглокожих, но они его лишились или, скорее, «отказались» от дополнительной внутренней опоры за ненадобностью. Иначе говоря, все как у людей, ну по крайней мере – как у кишечнодышащих. Даже какое-то стержневидное утолщение внутри хоботка имелось, похожее на стомохорд.