Теперь его главной резиденцией была Ракка на Евфрате, на полпути между Ираком и Сирией. В 804 г. жители Багдада обратились к халифу с ходатайством, прося его жить в своей столице. В ответе Харун изъявил глубокую любовь к городу отцов и оправдал переезд войной с Византией и тем, что Ракка находилась поблизости от границы. Если бы не эти соображения, добавил он, он бы никогда не покинул возлюбленный им город Багдад. На самом деле он, возможно, по опыту узнал, что Багдад находится под чересчур сильным персидским влиянием и слишком удален от Средиземного моря и западных провинций. Ракка, как столица, находилась бы ближе к центру империи, чем Багдад, но, к несчастью, она была расположена в полупустынной местности, где не имелось условий, необходимых для жизни большого города.

В 807 г. в Хорасане снова начались волнения. Наместником провинции был Али ибн Муса ибн Махан, у которого, как и у Бармакидов, предками были аббасидские эмиссары в Хорасане, действовавшие здесь во времена Абу Муслима. Этот Али ибн Муса (опять же подобно Бармакидам) нажил огромное богатство благодаря халифской милости, но добился его с помощью угнетения и вымогательства. После десяти лет наместничества в Хорасане его состояние, по слухам, достигало восьмидесяти миллионов дирхемов. Тот факт, что тирания Али ибн Мусы получила печальную известность, говорит об определенной халатности со стороны халифа. В конце концов в Мавераннахре разразилось восстание, набиравшее силу, поэтому Харун решил лично побывать в этом районе.

Покинув Ракку, он в феврале 808 г. проехал через Багдад и отправился в Северную Персию. Есть сообщение, что он уже страдал от тяжелого недуга и носил бандаж из шелка, чтобы уменьшить боль в животе. Он знал, что у каждого из его трех сыновей есть шпионы в его окружении, чтобы следить за его здоровьем, «считая каждый его вдох», как он сам говорил. Уже стало очевидным, что сыновья только и ждут его смерти, чтобы схватиться в братоубийственной войне за халифат. При всем своем огромным авторитете и славе он, должно быть, скорбел и тревожился, думая о возможном начале гражданской войны после его смерти.

Он пересек Персию и в ноябре 808 г. достиг Джурджана на юго-восточном конце Каспийского моря. Оттуда, чувствуя себя все хуже и хуже, он отправился в Туе в Хорасане. Здесь его болезнь обострилась настолько, что он уже не мог вставать, но послал своего второго сына Мамуна, сопровождавшего отца и готовившегося занять пост наместника Хорасана, в столицу провинции Мерв, где отныне должна была находиться его штаб-квартира.