В разгар такой нездоровой обстановки, сложившейся в мединституте, Масуда Ализаде застрелили в его кабинете днем в последние дни июля 1968 г. Хотя он извещал правоохранительные органы, что ему угрожают смертью, никаких практических шагов к его защите предпринято не было. При этом 23 июля Ализаде позвонил по телефону министру охраны общественного порядка Мамеду Ализаде и сообщил, что абитуриент Гусейнов Юсиф Амирхан-оглы неоднократно приходил к нему на дачу в поселке Пиршаги, совершал хулиганские действия, нарушал общественный порядок, требовал своего незаконного приема в медицинский институт. 24 июля министр поручил начальнику 6-го отделения милиции Ленинского района Самеду Ахадову расследовать жалобу Ализаде. Дача Ализаде территориально не относилась к участку 6-го отделения, тем не менее в тот же день Ахадов и участковый уполномоченный Насибов посетили дачу и встретились с ее хозяином. Однако, несмотря на то что Юсиф Гусейнов бросил камень в веранду второго этажа дачи Ализаде и разбил стекло, а также совершил другие хулиганские действия, они не только не составили протокол по жалобе пострадавшего, но и не произвели осмотра места происшествия. При встрече начальника отделения с Ализаде последний передал ему в письменном виде сведения о Ю. Гусейнове. Согласно этим сведениям, Гусейнов работал фельдшером 3-й детской больницы и проживал в поселке Баладжары по улице Луначарского, дом 3. Примечательно, что вместо того, чтобы произвести осмотр места происшествия, Ахадов обращался к Ализаде с просьбой о помощи его дочери, исключенной из мединститута. 25 и 26 июля 1968 г. участковый уполномоченный Насибов дважды приходил в 3-ю детскую больницу. Однако он не только не нашел Гусейнова, но даже не предпринял никаких мер к его поиску. Кроме того, посещая больницу, он рассказал коллегам Гусейнова о причине своего прихода. Видимо, поэтому 26 июля, сославшись на болезнь, Гусейнов не вышел на работу. За два дня сотрудники 6-го отделения милиции так и не пришли к Гусейнову домой. Более того, участковый уполномоченный Насибов даже потерял записку с его адресом, переданную ему Масудом Ализаде.

В ходе дальнейших расследований выяснилось, что после смерти Ализаде Ахадов и Насибов сфальсифицировали связанные с ней оперативные данные. В частности, они написали, что якобы 24, 25 и 26 июля с 22.00 до 2 часов ночи дежурили на территории дачи Ализаде. Однако родственники Ализаде опровергли это, показав, что вечером 25 июля Ю. Гусейнов приходил к ним на дачу[831]. Именно из-за такой халатности органов внутренних дел Масуд Ализаде был убит. 29 июля бюро ЦК КП Азербайджана на своем заседании приняло совместное партийно-правительственное постановление о похоронах Масуда Ализаде. В постановлении, подготовленном вторым секретарем ЦК КП Азербайджана С. В. Козловым и председателем Совета министров Э. Н. Алихановым, предлагалось создать комиссию по организации похорон Масуда Ализаде. В комиссию, созданную постановлением бюро, вошли К. Гусейнов (председатель), Р. Абдуллаев, С. Джаббаров, Э. Ализаде, Х. Гасанов, Ф. Векилов, С. Мустафаев и А. Мамедов. Бюро приняло решение похоронить М. Ализаде на Аллее почетного захоронения и возложить все расходы по похоронам на государство [832].