В период, когда Масуд Ализаде начал свою работу проректором, медицина республики добилась определенных успехов. Азербайджанские врачи одержали очень важные победы над такими опасными заболеваниями, как малярия, холера, трахома. По сравнению с 1959 г. заболеваемость туберкулезом, второй болезнью в республике по распространенности, снизилась на 61,8 % (на 59,9 % по городу Баку). Подверженность этому заболеванию среди детей в возрасте до 1 года упала в 7 раз, а среди детей в возрасте от 1 до 15 лет – в 9 раз. Таким образом, резко сократилась детская смертность. На конец 1960-х гг. услугами сети больничных учреждений республики пользовалось от 700 до 800 тыс. больных ежегодно. И если в 1963 г. смертность среди получавших лечение больных достигала 84 чел. на 10 тыс., то в конце 1960-х гг. этот показатель опустился до 55 чел. на 10 тыс. За этот же период число больных, умерших во время хирургических операций, уменьшилось в 2 раза[826]. Однако в конце 1960-х гг. стала расти коррупция в учреждениях здравоохранения. В феврале 1967 г. всем руководителям органов здравоохранения было направлено закрытое письмо следующего содержания: «За последнее время в Министерство здравоохранения Азербайджанской ССР и вышестоящие органы республики стали поступать жалобы на отдельных медицинских работников, в особенности хирургов, о вымогательстве различными путями платы за лечение больных»[827].

Следует отметить, что ректор мединститута Хамза Гасанов также не ожидал назначения Масуда Ализаде проректором. Примерно через год после этого секретариат ЦК КП Азербайджана обсудил вопрос о подготовке медицинским институтом высокопрофессиональных медицинских кадров, что еще больше усилило подозрения Х. Гасанова о том, что М. Ализаде готовят на его место. Отношения между ректором и проректором мединститута несколько обострились после того, как перед обсуждением на секретариате указанного вопроса 17, 18, а также 29 апреля в отдел науки и образования ЦК КП Азербайджана пригласили 14 известных ученых-медиков для беседы о положении дел в институте. Среди приглашенных находились Б. Махмудбеков, У. Мусабекова, Е. Гинзбург, З. Салаева, Э. Эфендиев, Д. Абдуллаев и другие. Большинство из них связывало проблемы мединститута с плохими отношениями между ректором Хамзой Гасановым и министром здравоохранения Фахри Векиловым[828]. Приказом министра Векилова от 25 ноября 1965 г. Гасанов был освобожден от должности ректора за невыполнение приказов министерства, в особенности в связи с уклонением от выполнения решения коллегии министерства о восстановлении в должности безосновательно уволенного профессора А. Аббаскулиева, заведовавшего кафедрой. Руководство институтом временно возлагалось на профессора Гасана Исазаде[829]. Однако ввиду того, что ЦК не поддержал этот приказ, ректор продолжил выполнять свои обязанности. В целях изоляции Масуда Ализаде от институтских дел Гасанов предложил членам ученого совета не избирать проректора по учебной части членом конкурсной комиссии. Однако члены ученого совета не подчинились ему и избрали Ализаде в конкурсную комиссию. Ввиду серьезных нарушений при проведении приемных экзаменов в 1965/1966 учебном году, поступления от граждан большого числа заявлений и жалоб на этот счет в виде исключения Министерство здравоохранения назначило Масуда Ализаде председателем приемной комиссии. Однако ректор Гасанов отказался признать выбор министерства и собственным приказом назначил председателем приемной комиссии себя[830]. Этот случай еще сильнее обострил отношения между ректором и проректором.