Фема сохранилась вплоть до конца X в. — начала XI в., когда она стала постепенно разделяться на более мелкие командные структуры. В результате этого процесса Киклады и Спорады, Хиос и район Абидоса приобрели своих собственных стратигов, а фема Эгейского моря превратилась в чисто гражданский округ, включавший только побережье Пропонтиды и область вокруг Константинополя[1272]. К концу XI в. остатки старого фемного флота, были включены в объединенный императорский флот, базирующийся в Константинополе и находящийся под командованием мегадуки. В XII в. фема Эгейского моря, вероятно, была объединена с фемой Опсикиев в единый административный округ, что и было засвидетельствовано в документе, о разделе Византийской империи (Partitio terrarum imperii Romaniae), составленном участниками Четвертого Крестового похода в 1204 г.[1273] Разгром Византии положил конец существованию фемы.