Командующий императорской флотилией носил звание друнгария императорского флота, позже с приставкой μέγας, то есть великий. Этот титул встречается и в эпоху Комнинов, правда, лишь у командира императорской конвойной эскадры[1297]. Должность его заместителя называлась топотирит; в чем состояла его роль неясно из-за фрагментарности имеющихся источников. Хотя некоторые из этих высших флотских офицеров были профессиональными моряками, сделавшими карьеру из низов, большинство командиров флота были из высокопоставленных придворных чиновников[1298].

Поскольку командующие флотов, кроме того, выполняли обязанности правителей своих фем, то в их распоряжении были гражданские чиновники: протонатарии, которые возглавляли гражданскую администрацию. Далее во флотской иерархии шли: хартуларий, возглавлявший администрацию флота, начальника штаба — протомандатор и некоторое число комитов. Среди них был и комит этерии, стоявший во главе отряда телохранителей (этерии) командующего флотом. Небольшими отрядами из трех или пяти кораблей командовали комит или друнгарокомит, а капитан отдельного корабля назывался кентархом, хотя в источниках также встречаются и более архаичные термины, такие как наварх или даже триерарх[1299].