Каждый экипаж судна включал от одной до трех усий. Капитану подчинялись бандофор, его заместитель, два кормчих, которые назывались протокарабы (буквально главы корабля) или, более архаично, кибернеты, и прореи, отвечавшие за носовую часть судна. В действительности на каждом корабле их могло быть несколько человек каждого ранга, действовавших посменно. Многие из них сделали успешную карьеру. Так, в трактате «Об управлении Империей» Константина Багрянородного имеются ссылки на главных гребцов, которые стали протокарабами императорской галеры, а затем, предположительно, заняли еще более высокие посты (Const., Adm., § 51, 80–90, 103–112). Кроме того, на борту имелись и другие специалисты, такие как двое гребцов с носовой части судна, а также сифонаторы, в задачу которых входило обслуживание установок для греческого огня, и букинатор (трубач), отдававший приказы гребцам. Так как отряды морской пехоты были сформированы на основе регулярных армейских частей, то их организация соответствовала армейской[1300].

После упадка военно-морского флота в XI столетии император Алексей I Комнин начал его возрождение. Флоты фем были объединены в единый императорский флот под началом нового командующего — мегадуки, или великого дуки. Первым великим дукой в 1092 г. стал брат жены императора Иоанн Дука. Великий друнгарий флота после появления титула мегадуки стал подчиняться ему и играть роль его заместителя. Великий дука, кроме того, был правителем южной Греции старых морских фем Эллада и Пелопоннес, которые были разделены на округа (ории). При Иоанне II острова Эгейского моря также были обязаны содержать флот и обеспечивать его всем необходимым, в том числе и моряками, поэтому византийские писатели того времени гордились, что экипажи большого флота в правление императора Мануила I были укомплектованы «истинными ромеями», хотя для комплектования союзных эскадр привлекались также и наемники. Однако, поскольку флот базировался исключительно в Константинополе, а эскадры морских фем не были воссозданы, отдаленные районы Империи, в частности побережье Греции, стали уязвимы для нападения кораблей противника[1301].