Смерть Урбана VI (15 октября 1389 г.) и избрание папой Бонифация IX, человека молодого и энергичного, только укрепляет папскую позицию в Риме. Значительно поправив свое финансовое положение юбилеем, новый папа широко раздает викариаты и прочие права и привилегии в городах и областях Патримония, взимая за это значительные денежные суммы, — так, Альберто д'Эсте получает викариат в Ферраре за 10 тыс. флоринов в год, Антонио да Монтефельтро — в Урбино за 1300 флоринов в год, городские выборные власти Болоньи — викариат этого города за 5 тыс. флоринов в год и т. д. В Риме он после некоторых колебаний оставляет власть в руках трех выборных консерваторов, для которых строит специальное здание на Капитолии, вообще являвшемся объектом его постоянных забот. Взаимоотношения между папой и выборными властями регулируются договором, точно ограничивающим финансовые и судебные права обеих сторон, оговаривающими необходимость регулярного ремонта укреплений, мостов, улиц "святого города". По этому договору, возобновленному и подтвержденному в 1392 г., Рим выступает как самостоятельный, коммунально управляемый город, а не только как папская столица. "Заметь, — пишет современный хронист, — что папа не был сеньором Рима, как это стало впоследствии, но Рим был свободен и говорили «Римская церковь", а не "Церковный Рим""[245].

Однако, получив много, римляне хотят еще большего и своими новыми требованиями заставляют папу осенью 1392 г. покинуть Рим и поселиться в Перудже, а затем переехать в Ассизи. Только осенью 1393 г. происходит примирение между Бонифацием IX и Римом. Городские власти идут на некоторые уступки. Во главе города становится назначаемый папой и оплачиваемый городом сенатор, который должен управлять совместно с выборными консерваторами. Для решения экономических вопросов, связанных в первую очередь со снабжением города, ежегодно избираются два доверенных лица (buoni uomini) — один папой, а другой горожанами. 10 сентября 1393 г. папа возвращается в Рим, где сразу же предпринимает работы по реставрации и укреплению замка св. Ангела. Каждому, кто попытается нанести хотя бы незначительный ущерб замку, угрожает отлучение от церкви. Пребывание в Риме только что вступившего на престол Неаполя Владислава (весна — лето 1394 г.) еще более укрепляет положение Бонифация IX.

Однако антипапские элементы городской коммуны, поддерживающие тайные связи с крупными и всегда непокорными феодалами Папской области, не складывают оружия, и борьба как с теми, так и особенно с другими занимает постоянно и внимание, и силы папы. Особенно беспокойны могущественнейшие Колонна, Савелли, Каэтани. Борьба с одним из них, властителем Фонди Онорато Каэтани, пытающимся поднять против папы Рим и сохранить свое самостоятельное положение, продолжается свыше двух лет, и только помощь неаполитанского войска позволяет Бонифацию IX расправиться с Онорато, а после его смерти — с его дочерью Джакобеллой. К 1400 г. папе удается в значительной степени усмирить наиболее строптивых из баронов. Он является почти неограниченным властителем Папской области.