Эта явная иностранная интервенция заставляет восставшие народные массы переменить ориентацию. Весь город поднимается против неаполитанских солдат и ненавистных Колонна. Происходит множество уличных стычек и даже боев, в которых активное участие принимают женщины, старики, дети, сбрасывающие с крыш домов на головы расположившихся в узких римских улицах неаполитанцев куски черепицы, камни и другие тяжелые предметы. Это заставляет Колонна покинуть город, а неаполитанские войска отступить в замок св. Ангела.

Поднявшийся город снова отдается под власть папы и просит его вернуться и восстановить порядок. 30 октября 1405 г. назначенный папой римским сенатором Джан Франческо Панчатики из Пистойи вступил на Капитолий и был торжественно встречен римлянами. Папа провозглашен (14 января 1406 г.) полновластным сеньором Рима, и в течение ближайших недель его представители реально начинают осуществлять эту синьорию.

Несмотря на то, что замок св. Ангела оставался в руках неаполитанцев, Иннокентий VII 13 марта 1406 г. решается вернуться в Рим через Порта Портезе — ворота наиболее удаленные от замка. Встреча, устроенная ему горожанами, была торжественной и пышной. Вскоре затем папа отлучает от церкви изменников Колонна (Джованни и Никколо) и ряд других непокорных феодалов, а также их вдохновителя короля Владислава Неаполитанского, которого объявляет лишенным всех владений и прав. Однако эти постановления носят чисто декларативный характер, и вскоре папа сам забывает их и осенью того же 1406 г. примиряется с Владиславом, который передает папе замок св. Ангела, а взамен получает почетное звание знаменосца церкви.

Смерть папы (6 ноября 1406 г.) оставляет Рим в чрезвычайно тяжелом финансовом положении: средства настолько скудны, что для покрытия необходимейших расходов папский казначей Леонардо епископ Фермо закладывает флорентийскому банкиру Маттео ди Бартоломео Тенальи папскую митру за 6 тыс. флоринов.

Новый папа — Григорий XII, опираясь на военную силу кондотьера Паоло Орсини, занимает решительную позицию по отношению к Римской коммуне и даже поручает 7 марта 1407 г. своему родичу Паоло Коррер назначить должностных лиц, обычно избиравшихся коммуной. Это приводит к новому восстанию, возглавляемому Колонна и Савелли. Однако Паоло Орсини легко подавляет его и, казнив вожаков этой плохо подготовленной попытки, становится полным хозяином города.

Летом 1407 г. Григорий XII покидает Рим, чтобы встретиться со своим французским конкурентом и покончить со схизмой. Оставленный им викарий кардинал Пьетро Стефанески правит так самовластно и неразумно, что вызывает всеобщее недовольство в городе и дает возможность внимательно следящему за ситуацией Владиславу Неаполитанскому опять направить свои войска к Риму.