Между тем небольшая часть членов Базельского Собора, не согласившихся переехать в Феррару, возглавляемая французским кардиналом Луи Алеманом, продолжает резко выступать против папы. 25 июня 1439 г., как раз в дни окончательной выработки флорентийской унии эта группа объявляет о смещении папы, а 5 ноября того же года избирает нового папу — бывшего герцога Савойского Амедео VIII, отрекшегося от герцогского престола в 1434 г. и прославившегося своей религиозностью. Новый папа, принявший имя Феликса V, вскоре — 23 марта 1440 г. отлучен Евгением IV от церкви. Угроза новой схизмы становится реальностью, хотя успехи римского папы как в светской, так и церковной сфере (уния) делают позицию его французского конкурента весьма слабой и бесперспективной.

Ухудшившееся положение в католической церкви сочетается с новыми опасностями в светских владениях папы. Появившийся здесь Никколо Пиччинино, действуя в контакте, а может быть и по прямому распоряжению Филиппо Мария Висконти, захватывает Болонью, а затем Имолу, Форли и Баньякавалло. Когда же Вителлески, по-прежнему возглавляющий папские войска, начинает против него поход, то в городе обнаруживаются стремления сбросить его иго, кажущееся слишком тяжелым. Так, 8 ноября 1438 г. были повешены на Капитолии вниз головой несколько человек за попытки поднять восстание против Вителлески.

Возобновляется и традиционная вражда между Колонна и Орсини, приводящая к стычкам, осадам, захватам и т. п. Несмотря на все это, в августе 1439 г. во Флоренцию вторично направляется посольство для того, чтобы пригласить папу вернуться. Вителлески усиленно подготовляет для этого почву, мечется со своими отрядами из конца в конец Патримония, подчиняет непокорных баронов, но не забывает и себя, прикраивая значительные куски территории к своим землям и строя роскошный дворец в Корнето, для чего привозит из Рима множество обломков античных зданий. Усиленно поговаривали (особенно охотно распространяла эти слухи Венеция), что папский любимец подготовляет предательство, мечтая, сговорившись с Пиччинино, выкроить себе самостоятельное государство, в которое якобы он хотел включить и сам Рим.

Прибыв в "вечный город" после успешной кампании, Вителлески обращается к кастеллану замка св. Ангела Антонио дель Рио, предлагая ему сдать замок. Между тем дель Рио, по ряду личных причин ненавидевший влиятельного и слишком заносчивого кардинала и, как подозревали современники, находившийся в сговоре с Флоренцией, решительно отказался выполнить требование Вителлески. Тогда 19 марта 1440 г. Вителлески произвел парад своего войска в Риме, после чего дал приказ о выступлении из города. Когда же войска прошли перед ним через мост св. Петра, к кардиналу подъехал дель Рио и начал о чем-то разговор с ним. В это время кардинал был незаметно окружен, и кастеллан, схватив за повод его коня, объявил: "Вы арестованы". Воинственный Вителлески выхватил меч и попытался прорваться, но был ранен, свален на землю и затащен в замок св. Ангела, где и умер 2 апреля. Помощникам Вителлески, потребовавшим после его ареста освобождения своего вождя, дель Рио показал соответствующий приказ папы, в подлинности которого они, впрочем, сильно усомнились.