Патриарх Аквилейский, сохранивший титул казначея и верховное руководство военными силами и внешней политикой папы, заключил соглашение с Висконти и его кондотьером Пиччинино, получил в результате Болонью и Имолу, но поссорился со Сфорца и ухудшил отношения с Флоренцией, продолжавшей борьбу с Миланом. Это заставляет Евгения IV 7 марта 1443 г. оставить Флоренцию и прибыть в Сиену, в то время как патриарх прибывает в Рим и оттуда после длительных переговоров заключает (14 июня 1443 г.) мирный договор с Альфонсо Арагонским, только что окончательно захватившим неаполитанскую корону, которую за ним подтверждает папа.

Договор этот, а также ряд военных успехов казначея в Патримонии позволяют серьезно поставить вопрос о возвращении папы в Рим. 14 сентября папа покидает Сиену и 28 сентября вместе с казначеем прибывает в свою столицу, которую он покинул почти 10 лет назад.

Еще до своего приезда папа издал распоряжение об увеличении вдвое и без того ненавистного налога на соль (габеллы) и на одну треть налога на вино, что вызвало большое недовольство в городе, встретившем папу гораздо холоднее, чем он этого ожидал. Когда он проезжал через квартал Колонна, его встретили возгласы "Да здравствует папа и долой "треть"!". После чего налог на вино был возвращен на прежний уровень.

8 дальнейшем конфликтов между населением и папой хронисты не отмечают, подчеркивая, наоборот, мир и благоденствие, установившиеся в Риме после возвращения Евгения IV.

14 октября 1443 г., не обращая внимания на продолжавший влачить жалкое существование Базельский Собор, папа собирает в Латеране свой Собор, который должен завершить дело Флорентийского Собора — унию с Православной восточной церковью. Заседания (правда, довольно редкие) Собора продолжаются до 7 августа 1445 г., не привлекая особого интереса современников.

Одновременно папа пытается организовать вооруженную борьбу с неуклонно надвигающимися на остатки Византии турками. Уже в начале 1443 г. Евгений IV назначил кардинала Джулиано Чезарини, своего легата в Венгрии, главнокомандующим войск, организуемых для этой цели. Последнему с поддержкой Венгрии и Польши удается 3 ноября нанести у Ниша поражение туркам и помочь освободительной борьбе Албании, которую возглавляет национальный герой Георгий Скандербег. Зато попытка папского и венецианского флотов под командованием кардинала Франческо Кондульмера помешать в Дарданеллах переходу турецких войск из Малой Азии в Европу не увенчалась успехом. Генеральное сражение, данное 10 ноября 1444 г. христианскими войсками и флотом туркам у Варны, закончилось полной победой последних. Стремление Евгения IV остановить продвижение турок не дало никаких результатов, но стоило многих средств и сил христианскому миру.