21 августа синьория Флоренции уполномочивает 4 своих граждан (среди них уже известный нам Джино Каппони) на окончательное подписание договора, а через 2 дня поручает им же принять от ее имени Пизу согласно условиям этого договора. Последний действительно подписан 27 августа, и тотчас же уполномоченные Флоренции принимают цитадель Пизы и несколько окружающих ее укрепленных пунктов (Либрафатта, Санта Мария ди Кастелло).
Но 6 сентября в купленном городе происходит восстание, в результате которого цитадель возвращается в руки его граждан. Бусико, которому флорентийские власти жалуются на такое "предательство", отвечает, что французское королевское правительство поможет наказать виновных в нем. Но Флоренция мало надеется на эту помощь и с несвойственной ей быстротой собирает под стены непокорного города свои вооруженные силы. Собираются отряды кондотьеров: Сфорца да Кутиньола, Джованни Тарталья, Франческино делла Мирандола, известная "Компания Розы" и ряд более мелких. Специально командируются для технического оснащения осады ряд инженеров, выписанных из разных концов Италии. Во главе всех вооруженных сил ставится крупный феодал Бертольдо Орсини граф де Соана.
Напуганные такими грозными приготовлениями, пизанцы посылают послов (20 сентября), которые предлагают, чтобы Флоренция вернула Пизе занятые ею замки (Либрафатту и Санта Мария ди Кастелло), они же возместят Флоренции все расходы, связанные с договором, законность которого они не признают. Но флорентийское правительство и слушать ничего не хочет. Пиза должна быть захвачена, и Бертольдо Орсини получает строжайшее приказание немедленно начать активные военные действия.
Но, несмотря на то, что в Пизе происходит новое восстание, ставящее во главе управления городом с титулом "капитана народа" Джованни Гамбакорта — отпрыска семьи, известной своими симпатиями к Флоренции, флорентийский командующий действует медленно и нерешительно. Не помогает и частичная победа, одержанная (4 декабря) отрядом Сфорца над значительным вспомогательным контингентом, шедшим на помощь Пизе. Для военных действий против портового города приходится создать вооруженные морские силы — галеру и 2 галиотта. В декабре 1405 г. — январе 1406 г. флорентийским морским силам удается одержать несколько побед над пизанским флотом и полностью блокировать устье Арно. С весны 1406 г. Флоренция рассчитывает приступить к решительным действиям, для чего сменяет не оправдавшего себя командующего, на его место назначен Обиццо да Монте Карелли, пытающийся начать наступательные операции, не дающие, однако, значительных результатов. "Кость слишком тверда", — пишет в январе 1406 г. один из флорентийских купцов[263]. А между тем затянувшаяся война приводит к большим затруднениям внутри республики. Надо платить крупные суммы по договорам как Бусико, так и Габриеле Мария Висконти. Начинаются банкротства видных фирм, верный признак тяжелого финансового положения.