Карл V ограничивался преследованием ереси как преступления против божеской и человеческой верховной власти, но не чинил никаких препятствий успехам гуманизма. Однако такое положение не могло долго продолжаться. Было более чем очевидно, что при все усиливавшихся разногласиях между обеими религиями не оставалось больше места ни для научной свободы ни для веротерпимости. Они были одинаково подозрительны как протестантам, так и католикам, и если первые наносили им менее чувствительные удары, чем вторые, то объяснялось это просто менее разработанным уставом их церквей, меньшей суровостью их догматов и большим числом их сект.

В царствование Филиппа II в Нидерландах проведены были первые полицейские мероприятия в умственной жизни, имевшие целью защиту ортодоксии. Именно такой характер носило изданное в 1570 г. запрещение студентам учиться в заграничных университетах[1152]. Оба национальных университета должны были отныне пользоваться исключительным правом распространения среди них науки, и государство строго следило за тем, чтобы ни одно подозрительное учение не проникло в предметы преподавания. В 1568 г, герцог Альба по приказанию короля писал ректору лувенского университета, запрашивая у него, «как ведет себя и выполняет ли каждый профессор… свой долг так, как надлежит»[1153]. Полученный им ответ должен был полностью удовлетворить его. Он доказывал, что в вопросе религиозных разногласиях лувенский университет, отвергнув учения, которые Эразм и его друзья пытались насадить в нем 40 лет назад, стал теперь одним из самых прочных оплотов контрреформации. При теологическом факультете была создана кафедра катехизиса; здесь читался специальный курс, посвященный опровержению еретиков, а на юридическом факультете Иоанн Молнией собственной властью заменил комментирование «Decretum Gratiani» комментированием решений Тридентского собора. Наконец, философский факультет в свою очередь ввел во всех своих коллегиях лекции по религии.

Вспыхнувшая вскоре после этого гражданская война дезорганизовала университетскую жизнь, рассеяв в разные стороны учителей и учеников. Но уже в начале XVII в. одной из главных забот правительства было восстановить университет и навязать ему в то же время устав, который навсегда предохранил бы его от проникновения ереси. Новые статуты, предписанные ему правительством в 1617 г. и согласованные с папой Павлом V, отнимали у университета автономию, которой он до того пользовался[1154]. Факультетам была предписана официальная программа; исчезла свобода научных занятий и вместе с ней исчезло и свободное развитие научно-исследовательской мысли. Факультеты превратились в профессиональные школы. «Школа трех языков» отказалась от своих эразмовских традиций. Она прекратила изучение высшей филологии, и преподавание древних языков было отныне приспособлено к практическим нуждам или должно было играть роль пустых литературных побрякушек.