К этому времени польские войска были разбросаны на огромной территории. 2-й полк польских стрелков охранял дорогу между Омском и Новониколаевском, 3-й полк стрелков и батарея артиллерии контролировали территорию от Славгорода до железнодорожной линии Омск-Новониколаевск, а 1-й полк стрелков, батарея артиллерии, эскадрон уланов и Литовский батальон отвечали за безопасность железной дороги Новониколаевск-Барнаул. Остальные польские части находились в Новониколаевске. Наступающие с запада и юга войска красных могли отрезать полякам путь к отступлению на восток. В этой ситуации польское командование начало стягивать все свои части в Новониколаевск, и 3 декабря 1919 г. началось отступление польских отрядов в сторону Красноярска[1940]. Польские части, находившиеся на западе от Новониколаевска, оказались отрезанными от главных сил, поэтому отставшие войска часть пути вынуждены были проходить в пешем строю. Барнаул находился в руках партизан, в Новониколаевске произошло восстание солдат Барабинского полка, которое польскому командованию удалось подавить, закончив подготовку к эвакуации. По воспоминаниям подпольщика Денисова, восстание Барабинского полка подавляли в основном поляки и несколько десятков юнкеров. Отступающие польские части разгромили и расхитили склады и холодильники с мясом и другими продуктами на железной дороге[1941].

Транссибирская магистраль была забита эшелонами отступающих белогвардейцев и их союзников. Чехословаки, в руках которых находилась вся железная дорога к востоку от Новониколаевска, продвигались на восток со скоростью 20 км в сутки, в то время как большевики наступали со скоростью 35–40 км. Из-за конфликта между польским и чехословацким командованием эффективное сотрудничество между сторонами

стало невозможным. Чехословаки перестали оказывать польской дивизии какую-либо помощь и не пропускали вперед польские эшелоны[1942]. 9 января 1920 г. польское командование попросило генерала Сырового о пропуске на восток 5 из 56 эшелонов. В данных эшелонах, по словам командования польских войск, находились женщины, дети, раненые и больные. К тому же командование 5-й польской дивизии допустило ряд просчетов при подготовке эвакуации. Во-первых, не были приняты меры для своевременной эвакуации семей военнослужащих, и вагоны оказались полны женщин и детей. По воспоминаниям комиссара 27-й дивизии 5-й армии А. П. Кучкина, поляки везли с собой массу награбленного: золото, ковры и хрусталь[1943]. Во-вторых, при огромном количестве эшелонов (60) недоставало специалистов-железнодорожников. Солдаты учились самостоятельно обслуживать паровозы, ощущался дефицит топлива и воды для локомотивов[1944]. Началась эпидемия тифа, в марте 1920 г. в Тайге, Новониколаевске тысячи трупов лежали вдоль железнодорожных путей[1945].