Албукерки же продолжал бороться со смертью, хотя и уполномочил Перу д’Алпойма самостоятельно делать не терпящие отлагательств распоряжения и подписывать срочно нуждающиеся в подписи бумаги, «ибо сам я более не способен надлежащим образом заниматься делами и решать вопросы».
В начале ноября строительство форта продвинулось настолько, что стало возможным установить бомбарды, наполнить крепостные склады провиантом и боеприпасом и залить воду в одну из крепостных цистерн. Гарнизон форта насчитывал четыреста солдат. Нести береговую охрану были отряжены три корабля португальского флота. Офицеры и чиновники будущей фактории проходили тщательный отбор на «профпригодность» Каждый из прошедших этот отбор кандидатов на замещение должности получал особый «Режименту», содержавший подробнейшие должностные инструкции. Затем Перу д’Алпойм составил точную смету всех затрат, которым надлежало быть покрытыми за счет годовой дани с Ормуза.
После того, как Албукерки «внес таким образом полный и добрый порядок во все дела», он смог наконец пуститься в плавание, не зная (но, вероятнее всего, догадываясь), что этому плаванию суждено стать последним в его жизни. Возможно, в глубине его души оставалась крохотная искорка надежды на то, что морское путешествие возвратит ему силы (так, по крайней мере, утверждали доктора).
8 ноября Албукерки взошел на борт корабля с красивым названием «Флор да Роса» («Цветок Розы»). Это произошло в самый разгар полуденной жары, когда все живое укрывалось от зноя, где только могло. Он предпочел изнывать от жары, только бы избежать горечи расставания с жителями Ормуза, понимая, что «долгие проводы — лишние слезы». Ступив на палубу, дом Афонсу приказал поднять якорь — и «Флор ла Роса» вышел в море, снова бросив якорь лишь в миле от берега.
С этого «безопасного» расстояния дом Афонсу передал с гонцом свои прощальные наилучшие пожелания царю Турану с присовокуплением извинений за то, что обстоятельства непреодолимой силы не позволили ему сделать это лично. Через пару часов к борту «Цветка Розы» пристала пришедшая из Ормуза лодка, доставившая Гассана Али, придворного вельможу ормузского царя, передавшего для дома Афонсу партию засахаренных фруктов. Скорее всего, доставка фруктов была лишь поводом. В действительности царь послал своего придворного узнать, жив ли еще губернатор. Поскольку Албукерки считал необходимым, в интересах достройки форта и вообще в интересах Португалии, опровергнуть слухи и сплетни о его мнимой смерти, он, собрав остатки сил, принял Гассана Али в своей каюте, разыграв перед ормузцем, благодаря напряжению своей сверхчеловеческой воли, роль идущего на поправку пациента.