Будучи личностью незаурядной, волевой и энергичной, Никон все же не смог одержать верх в борьбе против царя. Его позиция отражала исторически обреченный запоздалый всплеск претензий духовной власти на приоритет перед светской. Царю удалось добиться победы при поддержке зарубежных патриархов, которые осудили своего собрата и лишили его высшего церковного сана. Конечно, дело было не столько в личных качествах Алексея Михайловича, сколько в существенных изменениях во внутриполитической и международной обстановке, в которой протекал конфликт царя и патриарха. Крушение Никона стало важным этапом на пути утверждения абсолютизма в России. Оно в известной степени подготовило радикальный шаг Петра I, связанный с фактическим упразднением патриаршества в 1700 г.

На эволюцию государственной надстройки указывали и другие перемены в России второй половины XVII в., имеющие отношение к сфере управления. В стареющей системе центральных органов — приказов возникает орган с необычайными функциями, выводящими его за рамки компетенции Боярской думы или какого-либо иного государственного учреждения. Речь идет о Приказе тайных дел, учреждение которого относится к 1654 г. Сущность деятельности нового приказа, согласно Котошихину, состояла в том, чтобы «его царская мысль и дела исполнились все по его хотению, а бояре б и думные люди о том ни о чем не ведали». Служащие приказа рыскали по стране и докладывали царю о состоянии умов, злоупотреблениях администраторов. «И те подьячие, — писал тот же автор, — над послы и над воеводами подсматривают и царю, приехав, сказывают». Притом Приказ тайных дел пользуется особым положением и доверием царя, «и в тот приказ бояре и думные люди не входят и дел не ведают, кроме самого царя».

Такое обособление личной канцелярии царя с функциями контрольно-полицейского характера говорило о многом. Приказ активно занимался проведением сысков не только по делам светского характера, но и по религиозным, почитавшимся особо одиозными (раскол). Важной отраслью ведения нового учреждения было личное царское хозяйство, поставленное на широкую ногу. Это также свидетельствовало о том, что происходит мобилизация материальных и денежных ресурсов короны с целью укрепления ее независимого положения. Той же цели служила финансовая политика царизма, когда казна объявила монополию на некоторые ходовые в зарубежной торговле товары (поташ, пеньку, сало и др.). Это приносило большие доходы. Есть основания считать, что так называемая «кабацкая» реформа 1652 г. (сокращение производства и продажи вина) была вовсе не актом «морального» порядка, а скорее одной из мер расширения хлебной торговли казны.