Как только пределы России достигли южносибирских степей, завязались дипломатические и торговые отношения с правителями Казахстана и Монголии. В середине 30-х годов XVII в. Государство алтын-ханов направило в Москву посольство с просьбой о принятии в русское подданство, на что был дан положительный ответ. Однако этот акт оставался формальным и не нашел реального воплощения. Но дружественные отношения с алтын-ханами сохранились вплоть до времени подчинения их ханства Джунгарией. С последней также поддерживались дипломатические и торговые отношения. Казахские владетели в своей борьбе с наступавшими на них джунгарскими феодалами искали поддержки со стороны России. Царское правительство проводило в этом регионе весьма осторожную политику, предпочитая не вмешиваться в военные конфликты и поддерживая мирные отношения с враждующими сторонами. В Москве отдавали себе отчет в том, что внешнеполитическая ситуация на сибирских рубежах зависела не только от двусторонних отношении с соседями, но и от взаимоотношений между государствами региона (монгольскими, Джунгарией, Китаем). С середины XVII в. Россия стала постоянно действующим политическим фактором в международной жизни Центральной Азии и Дальнего Востока.

По мере освоения Забайкалья и Приамурья Россия оказалась в соседстве с Китаем. На первых порах сведения об этой стране были весьма смутными, и царское правительство не форсировало установления с ней прямых дипломатических отношений, хотя в результате поездки И. Петлина в Китай оттуда была доставлена грамота императора династии Мин, которую не смогли тогда перевести на русский язык. Но в середине XVII в. положение изменилось. Стало известно, что на юге от Амура находится большое и сильное государство, взаимоотношения с которым необходимо ввести в привычное русло. С этой целью в Пекин было направлено посольство Федора Байкова (1654 г.). Однако эта миссия оказалась неудачной. Не принесла успеха и миссия Н. Спафария (1675 г.).

Русские дипломаты столкнулись с весьма необычными порядками, царившими в правящих кругах Китая, к тому времени оказавшегося под властью императоров маньчжурской династии Цин. Любое посольство из другой страны воспринималось в качестве признака вассальной зависимости ее от императора Китая. Заранее предполагалось неравноправное положение другой стороны. Лишь со временем цинские политики начали осознавать уязвимость подобной позиции в сношениях международного плана. А тогда эта доктрина действовала безоговорочно.

Вполне естественно, что столь принципиальное расхождение не могло не вызвать острых конфликтов, которые переросли в военное противоборство помимо воли правительства России. Несмотря на весьма ограниченные военные силы в Забайкальско-Приамурском регионе, Россия нанесла ряд ощутимых контрударов по войскам Цинов, пытавшимся помешать заселению этих краев русскими людьми. Тогда на север были двинуты крупные военные контингенты Цинской империи, противостоять которым не могли малочисленные русские гарнизоны, хотя они героически сражались с превосходящим противником. В такой обстановке Россия пошла на мирные переговоры с Китаем, завершившиеся заключением Нерчинского мира (1689 г.). Переговоры проходили в тяжелой обстановке для русской стороны, под угрозой большого цинского войска, готового в любой момент нанести удар. Физическая расправа нависла над русским посольством во главе с Ф. А. Головиным. В силу этих причин Нерчинский договор не являлся равноправным, и Россия временно утратила часть территорий в Приамурье, хотя четкого географического разграничения проведено не было, а с точки зрения права трактат был весьма несовершенен. При всем том после Нерчинского договора стала развиваться русско-китайская торговля, хотя цинские власти придерживались ограничительной политики в отношении русского купечества.