Появление Пугачева на правобережье Волги стало как бы сигналом к всеобщему восстанию крепостных крестьян. Большую роль в этом, несомненно, сыграл его знаменитый манифест от 18 июля. Он был издан сразу же после перехода Волги, и в нем наиболее ярко проявилась антифеодальная направленность всего пугачевского движения. Пугачев объявлял об отмене крепостной неволи и рекрутчины, всех податей и сборов, о передаче крестьянам земли и, главное, призывал истреблять дворян как «противников нашей власти и возмутителей империи, и разорителей крестьян, ловить, казнить и вешать, и поступать равным образом так, как они, не имея в себе христианства, чинили с вами, крестьянами». Восстание охватило не только районы, прилегавшие к пути следования главной армии Пугачева. Оно распространилось на большую часть Нижегородской, Казанской, Пензенской и Тамбовской губерний. Повсюду возникали многочисленные отряды крестьян, действовавшие под предводительством местных атаманов и вожаков. Они расправлялись с помещиками и наиболее ненавистными чиновниками, разоряли дворянские усадьбы, раздавали крестьянам помещичье имущество, казну и т. д. Имелись случаи, когда расправлялись и с богатыми крестьянами, выступавшими против восстания.

Пожар крестьянской войны готов был перекинуться в центр страны. Московспие дворяне были уверены, что еще до приближения Пугачева к Москве в ней вспыхнет «пламя бунта и народного мятежа»; рязанские крестьяне «в великом азарте» решали на своих сходках не повиноваться властям и говорили о Пугачеве; неспокойно было среди «ружейных мастеровых» Тулы. Генерал П. И. Панин, новый главнокомандующий правительственными войсками по борьбе с восстанием, 13 августа доносил Екатерине II: «Искры ядовитого огня от настоящего самозванца и употребляемых от него ко всей черни прельщений, зачинают пламенем своим пробиваться не только в тех губерниях, коими сам злодей проходил… но обнимают и здешнюю Московскую и Воронежскую губернии».

Можно сказать, что крестьянская война в это время достигла наивысшего своего размаха и подъема.

Правительство видело грозящую ему опасность и мобилизовало все силы для подавления восстания. Освободившиеся после заключения мира с Турцией войска перебрасывались в Поволжье, на Дон и в центр страны. На помощь П. И. Панину из Дунайской армии был послан А. В. Суворов. Москва усиленно укреплялась.

Власти и Синод обращались к населению с призывами и увещеваниями. За поимку Пугачева была обещана большая награда.

21 августа Пугачев был у Царицына, но не смог взять его и двинулся дальше на юг, к Черному Яру. 24 августа у местечка Сальникова Ватага произошло последнее крупное сражение восставших с правительственными войсками, которыми командовал Михельсон. Пугачев был разбит, потерял более 8 тыс. человек убитыми и плененными и вынужден был с небольшим отрядом бежать за Волгу. В этом бою погиб один из выдающихся руководителей восстания — Овчинников, был взят в плен последний секретарь «Государственной военной коллегии» Дубровский. Пугачев намерен был продолжать борьбу. Но среди сопровождавших его богатых яицких казаков во главе с Твороговым и Чумаковым возник заговор, чтобы выдать Пугачева правительству и тем самым заслужить себе прощение. Заговорщики схватили Пугачева 15 сентября на р. Узени и закованного в колодки привезли в Яицкий городок и сдали властям. Отсюда Пугачева перевезли в Симбирск и затем в Москву.