Одновременно с письменной агитацией Пугачев посылал на места своих наиболее близких сподвижников для организации повстанческого движения. На заводах Южного Урала действовал Хлопуша: он сменял заводскую администрацию, организовывал для восставших производство пушек и другого оружия, сколачивал из горнозаводских рабочих боевые отряды. В Башкирию ездили Овчинников и Чика-Зарубин, по крепостям Яицкой линии — Шигаев и Толкачев.

Как показывали потом участники восстания, народ «с радостью со всех сторон стекался кучами в нашу толпу». К середине ноября 1773 г. армия Пугачева под Оренбургом насчитывала уже 15 тыс. человек.

К этому времени были одержаны и первые крупные победы над царскими войсками. О восстании правительство узнало лишь в середине октября и вначале не придавало ему серьезного значения, рассматривая его как «местный бунт шайки непослушных казаков». Однако на подавление восстания сразу были брошены довольно крупные силы. Главнокомандующим всеми войсками, направленными против Пугачева, был назначен генерал-майор Кар. Он настолько был уверен в своем успехе, что опасался лишь того, как бы восставшие при его приближении не разбежались без боя. Но Кар глубоко ошибался. В бою 9 ноября у д. Юзеевой (к востоку от г. Бугульмы) его отряд, состоявший из 1500 человек, при 5 орудиях, был наголову разбит повстанцами, которыми командовали Чика-Зарубин и Овчинников. Оправдывая свое поражение, Кар вынужден был высоко оценить боевые действия восставших, особенно использование ими артиллерии: «А артиллерией своею чрезвычайно вредят… истребляют не так, как бы от мужиков ожидать должно было». В ночь на 13 ноября недалеко от Оренбурга Пугачевым был окружен и почти весь взят в плен отряд полковника Чернышева — более 2200 человек при 32 офицерах и 15 орудиях. Лишь бригадиру Корфу со своими войсками удалось прорвать кольцо осаждавших Оренбург пугачевцев и тем самым усилить гарнизон города. Таким образом, первые попытки правительства подавить восстание окончились неудачей.

В это время, в конце 1773 г., Пугачев не только расширял границы восстания и отражал наступление правительственных войск, но и стремился поднять свой «царский» авторитет, а также лучше организовать повстанческую армию и все возглавляемое им движение.

Как уже говорилось, ставка Пугачева находилась в пяти верстах от Оренбурга, в слободе Берда, которую он назвал «Новой Москвой». На крыльце и вокруг дома, в котором он жил, постоянно стоял караул из 25 яицких казаков, которых называли «гвардией». В доме висел портрет великого князя Павла Петровича, и Пугачев широко распространял слухи о своих сношениях с ним, как «сыном» и наследником престола. Он присвоил некоторым своим сподвижникам имена и звания царских сановников. Так, Чика-Зарубин стал именоваться «графом Иваном Никифоровичем Чернышевым». Пугачев имел печать с надписью: «Большая государственная печать Петра III, императора и самодержца Всероссийского». Он учредил свой орден — восьмигранный крест из латуни с надписью: «Царь Петр Федорович жалует тебя крестом, бородой и волей казацкой. 1773 г.», которым награждал наиболее отличившихся сподвижников. Все это делалось Пугачевым для того, чтобы поддержать молву о своем царском происхождении и иллюзии широких масс о «хорошем» царе, способном облегчить положение народа.