Движение распространилось на всю Башкирию. Тут действовали десятки отрядов, которые возглавляли Канзафар Усаев, Кинзя Арасланов и др. Особо отличался смелостью Салават Юлаев, взявший Красноуфимск. Сюда на помощь и для общего руководства движением был послан Чика-Зарубин, и в декабре он уже осадил Уфу.
Широкий размах приобрело восстание на левобережье Волги, особенно в районе Самарской излучины, заселенной преимущественно помещичьими крестьянами, к которым примкнули жившие здесь же калмыки, чуваши и другие народы. Посланный от Пугачева отряд во главе с крепостным крестьянином Ильей Араповым в начале декабря занял крепость Бузулук, а в конце того же месяца вступил в Самару. В середине января 1774 г. отряд под командованием калмыка Федора Дербетева захватил Ставрополь. На юге казаки во главе с Толмачевым овладели Яицким городком (кроме его цитадели, взять которую так и не удалось).
В начале 1774 г. отдельные пугачевские отряды появились уже в Западной Сибири и на Слободской и Левобережной Украине. Неспокойно было и в самой Москве. В середине декабря 1773 г., проезжая через Москву, генерал А. И. Бибиков писал: «Вся многочисленная чернь московская, шатаясь по улицам, почти явно оказывала буйственное свое расположение и приверженность к самозванцу, который, по словам их, несет им желаемую ими свободу».
Напуганное огромным размахом движения, правительство Екатерины II принимает более серьезные меры для его подавления.
Главнокомандующим над всеми карательными войсками был назначен генерал-аншеф А. И. Бибиков, обладавший боевым опытом и хорошо знавший местные условия в основных районах восстания. В Казани создается Секретная комиссия по борьбе с восстанием. Семья Пугачева был арестована и отправлена в Казань, а его дом в станице Зимовейской сожжен, место его посыпано солью и окопано рвом. Приехав в Казань, Бибиков застал здесь полную растерянность среди властей и местного дворянства, все были охвачены «трепетом и ужасом». В отличие от Кара, Бибиков понимал, какой силы достигло движение и какую опасность оно представляет. Он писал: «Не неприятель опасен… но народное колебание, дух бунта и смятение». В его распоряжение поступили крупные силы регулярных войск, а также местные гарнизоны и дворянское ополчение. Для поднятия духа дворянства Екатерина II объявила себя «казанской помещицей» и приняла участие в организации ополчения.
Накопив силы, Бибиков в середине января 1774 г. перешел в общее наступление против восставших. Решающее сражение произошло 22 марта под Татищевой крепостью. Несмотря на то что у Пугачева здесь было больше сил, чем у возглавлявшего правительственные войска генерала П. М. Голицына, он потерпел серьезное поражение, так как его армия была хуже вооружена и организована. Тем не менее Голицын высоко оценил военное мастерство повстанцев: «Дело столь важно было, что я не ожидал такой дерзости и распоряжения в таковых непросвещенных людях в военном ремесле, как сии побежденные бунтовщики». Вслед за тем 24 марта под Уфой был разбит Чика-Зарубин. 1 апреля под Самарским городком Голицын нанес второе крупное поражение Пугачеву, и последний с небольшим отрядом вынужден был уйти на Урал. На этом заканчивается первый период Крестьянской войны. В конце его правительственные войска добились больших успехов: была снята осада с Оренбурга и Уфы, отвоеваны Самара, Бузулук, Красноуфимск и другие крупные города. Ряд выдающихся руководителей восстания — Чика-Зарубин, Хлопуша, Шигаев, Почиталин и Витошнов попали в плен. Но крестьянская война на этом не закончилась, ее высший подъем был еще впереди.