Императрица Елизавета Петровна была набожна и чтила странников, юродивых и монахов. Не упустила она такой возможности и в этот раз, приказав призвать к себе Ивана. Ушакова провели к императрице. Вот как сам преподобный рассказывал об этой встрече:

– Зачем ты ушел из моего полка? – ласково, по-матерински спросила его императрица.

– Для удобства спасения души, Ваше Величество, – с кротостью отвечал Иван.

– Зная фамилию твою и честное служение предков твоих на благо России, не вменяю тебе побега в проступок и жалую тебя прежним чином, – сказала государыня, словно испытывая твердость стремления Ивана к новой жизни, – вступай в прежнее звание.

– Ваше Величество, в начатой жизни для Бога и спасения моей души желаю пребыть до конца, а прежней жизни и чина не желаю, – ответил Иван.

– Для чего же ты тогда не спросясь ушел из полка? К такому деланию и от нас ты мог быть отпущен.

– Если бы тогда просил я об этом, Ваше Величество, то не поверили бы Вы мне, молодому и не испытавшему всей трудности монашеского жития. Теперь же, после убогого моего искуса, утруждаю Ваше Величество просьбой – дайте мне умереть монахом.

Видя такую решимость Ушакова, императрица спросила Ивана, где бы желал он подвизаться.

– В Саровской пустыни, Ваше Величество.

Не до конца веря такому твердому устремлению молодого человека, Елизавета Петровна решила оставить его в Александро-Невской Лавре Санкт-Петербурга. Через три года Ивана постригли в монахи с именем Феодор. На постриге присутствовала сама императрица. Она часто приезжала к Ушакову и была к нему по-матерински милостива и внимательна. Уважая его подлинное благочестие, государыня, а за ней и весь двор, любила при случае повторять: «В Александре-Невском монастыре я знаю только одного монаха – это Ушаков».

К нему началось паломничество. Все это вызывало зависть у недоброжелателей. Более десяти лет Феодор прожил в Лавре, и все это время на него сыпались доносы и клевета. Ушаков же с завидной настойчивостью просился в Саровский монастырь. Императрица, не веря наговорам, не хотела отпускать от себя «настоящего монаха», но, в конце концов, согласилась. Ушаков уехал сначала в Саров, а затем и еще дальше – в Санаксарскую пустынь. Но неправедные обвинения не прекратились. Уйдя из-под покровительства государыни, Ушаков стал уязвим. В итоге его оклеветали и отправили в монастырскую тюрьму на Соловки. Около десяти лет монах Феодор терпел безвинные узы.

Правда восторжествовала лишь перед смертью преподобного. Феодора оправдали и отпустили. Он доехал до родной Санаксарской обители и прожил всего 3 дня, умерев на руках у любящих учеников. На могиле преподобного была положена плита с надписью: «Здесь погребен истинный христианин и добрый монах».