После смерти своего духовного наставника преподобный Серафим ушел жить в пустыньку – одиноко стоящую келью в глухом сосновом лесу в пяти километрах от монастыря. Здесь в совершенном уединении провел он пятнадцать лет, соблюдая строгий пост и непрестанное молитвенное правило. Пищей ему служили овощи, выросшие на возделанном им огороде. На спине преподобный всегда носил сумку, набитую камнями и песком, поверх которого лежало Евангелие.

Однажды к Серафиму, рубившему в лесу дрова, подкралось трое крестьян. Окружив его, они потребовали отдать им деньги, приносимые ему богомольцами. Он ответил, что ни от кого ничего не берет. Не поверив, крестьяне напали на него. Один, кинувшись на преподобного сзади, хотел его повалить, но, ударившись о котомку с камнями, сам упал. Серафим был высок ростом и силен, к тому же с топором в руке он легко мог отбиться от разбойников. Но ему вспомнились слова Евангелия: «Все взявшие меч, мечом погибнут», – и он решил не защищаться. Бросив топор на землю и сложив руки крестом на груди, Серафим спокойно сказал своим обидчикам: «Делайте, что вам надобно». Один из них, схватив топор, обухом ударил преподобного по голове, так что изо рта и ушей подвижника хлынула кровь. Он в беспамятстве упал. Кинувшись на него, они избили и связали Серафима. Ища деньги, разбойники обшарили все углы пустынной избушки, сломали даже печь. Но найдя лишь икону да несколько картофелин, убежали. Придя в себя, Серафим с трудом выпутался из веревок и поблагодарил Бога за невинное страдание. Помолился об обидчиках, а на другой день во время литургии пришел в монастырь в самом ужасном виде. Волосы на бороде и голове его были в запекшейся крови, руки и лицо поранены, выбито несколько зубов, окровавленная одежда местами пристала к ранам на теле. Он рассказал о случившемся настоятелю и братии и остался в Сарове. Первые несколько дней братия ждала смерти Серафима, так тяжелы были его страдания. Он не мог ни пить, ни есть, ни забыться сном от нестерпимой боли. Затем наступило улучшение, однако полученные раны не давали ему покоя до самой смерти. Обидчики подвижника были быстро найдены, но Серафим просил настоятеля не преследовать их, объявив, что в противном случае он навсегда оставит обитель.

После этого случая преподобный поселился в монастыре, но не прекратил своего подвига уединения. Он затворился в келье и наложил на себя обет молчания. Его маленькая келья освещалась лишь лампадой и свечами, зажженными пред иконами. Мешки с песком служили ему постелью, а обрубок дерева заменял стул. И так продолжалось еще пятнадцать лет, пока в 1825 году преподобный не вышел из затвора, чтобы поделиться своим духовным опытом с другими.