Владыка Вениамин спешил по первому зову своей паствы, словно приходской священник. Евангельская простота святителя, отзывчивость, сердечность, доступность располагали к нему даже иноверцев. Его академическая приемная всегда была полна народа. И он всегда старался выслушать и утешить каждого пришедшего к нему. Народное признание владыки Вениамина особо проявилось, когда на столичную кафедру выбирали нового архиерея. Вся епархия единодушно избрала Вениамина своим архипастырем. Это был первый случай народного избрания епископа на церковную кафедру.

Управляя столичной митрополией, Вениамин был самым аполитичным епископом во всей Российской Церкви. Это подтверждается и его собственными словами. Сразу же после избрания на Петроградскую кафедру святитель заявил: «Я стою за свободную Церковь. Она должна быть чужда политики, ибо в прошлом она много от нее пострадала. Самая главная задача сейчас – это устроить и наладить нашу приходскую жизнь».

Летом 1921 года начался голод в Поволжье. Митрополит Вениамин не мог не откликнуться на чужую беду. Он стал активно привлекать приходы и монастыри Петроградской епархии к оказанию помощи голодающим. Известны слова святителя Вениамина: «Я готов своими руками снять драгоценную ризу с почитаемой Казанской иконы Божией Матери и отдать ее, чтобы спасти людей от голода». И эта добровольная инициатива петроградского владыки была проведена еще до начала процесса со стороны властей «по изъятию церковных ценностей». Однако согласно секретной инструкции Совнаркома от 19 марта 1922 года, изъятие церковных ценностей должно было производиться в насильственном порядке и «вылиться в яростную антирелигиозную кампанию, в результате которой необходимо истребить как можно большее число реакционного духовенства и буржуазии». Поэтому новой власти не нужны были добровольные пожертвования.

Сфабрикованное дело против владыки Вениамина обвиняло его в обратном – в сопротивлении изъятию ценностей. Он был арестован и предан суду. Вместе с ним было привлечено еще 85 человек духовенства и мирян. Этот процесс сполна выявил то уважение, с которым относились к Вениамину жители Петрограда. Когда он входил в зал суда, все присутствовавшие вставали. Его адвокат, выступая перед ревтрибуналом, особо подчеркивал: «Это же ставленник народа! Первый ставленник, который никогда не порывал с народом». Свое заключительное слово владыка Вениамин посвятил доказательствам невиновности других подсудимых, а о себе сказал: «Какой бы приговор мне ни вынесли, я осеню себя крестом и скажу – слава Богу за все!» Владыка вместе с тремя своими сподвижниками был приговорен к смертной казни. Еще месяц они ждали исполнения приговора. Перед расстрелом все были обриты и одеты в лохмотья, чтобы нельзя было узнать духовных лиц.