Грозная опасность, нависшая над самим существованием нашего государства, необходимость всенародного единения для победы над врагом, патриотическая позиция Русской Церкви побудили советское правительство к изменению религиозной политики. Начали открываться приходы, закрытые в 30-е годы. Многие из оставшихся в живых священнослужителей были освобождены из лагерей. Возобновились архиерейские хиротонии. Прекратил свое существование «Союз воинствующих безбожников», были закрыты антирелигиозные музеи. В начале войны в Ленинграде оставалось только пять действующих православных храмов, но они не прекращали богослужений во время блокады даже в будни. Из-за несмолкаемого обстрела, от взрывов бомб окна в храмах нередко были выбиты, температура опускалась ниже нуля. Однако певчие пели в пальто, в валенках, от голода едва держась на ногах. И эти храмы были переполнены молящимися и причастниками.
4 сентября 1943 года митрополит Сергий вместе с двумя митрополитами был приглашен в Кремль для встречи со Сталиным. Глава правительства заявил, что хочет знать нужды Церкви. Во время беседы митрополит Сергий указал на необходимость широкого открытия храмов, созыва Собора и выборов патриарха, наконец, открытия духовных учебных заведений, так как у Церкви отсутствуют подготовленные кадры. «Здесь Сталин неожиданно прервал молчание, – вспоминает один из участников встречи, – “А почему у вас нет кадров?” – спросил он, вынув изо рта трубку и в упор глядя на своих собеседников. Мы смутились… Ведь всем было известно, что кадры “перебиты” в лагерях, но митрополит Сергий ответил: “Кадров у нас нет по разным причинам. Одна из них: мы готовим священника, а он становится маршалом Советского Союза”. Довольная усмешка появилась на устах главнокомандующего. Он сказал: “Да, да, как же. Я семинарист. Слышал тогда и о Вас”». В конце беседы Сталин дал положительный ответ на все просьбы иерархов и заверил, что «Церковь может рассчитывать на всестороннюю поддержку правительства».
И действительно, спустя всего четыре дня после беседы состоялся Собор. Некоторые из архиереев были доставлены на него прямо с тюремных нар. Во всех епархиях продолжали открываться закрытые ранее приходы. За один только 1944 год было открыто более 200 храмов. В Москве открылись Богословский институт и Богословско-пастырские курсы. Появилась реальная возможность подготовить и созвать Поместный Собор. И если после кончины патриарха Тихона престол московских первосвятителей оставался вдовствующим 18 лет, то после смерти его преемника патриарха Сергия до созыва нового Поместного Собора и выборов патриарха прошло всего 8 месяцев. Тогда, после десятилетий террора, это был шаг признания и возможность легального существования Православной Церкви в Советском Союзе. Эти мероприятия носили характер одобрения той позиции, которую Церковь заняла в отношении государства во время войны. Новая религиозная политика государства продолжалась еще около 10 лет после окончания Великой Отечественной войны. Изменение этой политики произошло уже при новом руководстве страны.