Владыка Алексий сам перенес все тяжести гонений, дважды был судим за «контрреволюционную деятельность» и отбывал наказание в ссылке. В 1927 году он поддержал митрополита Сергия и его «Декларацию». Вот как он сам вспоминает об этом: «Когда преосвященный Сергий принял на себя управление Церковью, он исходил тогда из существующей и неизбежной действительности, и, будучи близок к нему, я был совершенно с ним согласен. Он действовал, выполняя свой долг перед Церковью и ее паствой».

Великая Отечественная война застала митрополита Алексия на Ленинградской кафедре. В период блокады Ленинграда владыка остался в осажденном городе и разделил с паствой ужасы блокадных дней. Он совершал богослужения, проповедовал, ободрял и утешал верующих. Сам причащал, читал поминания и совершал отпевания. Постоянно обращаясь с патриотическими посланиями к своей пастве, он поддерживал в ней дух патриотизма и веру в победу: «Русский человек бесконечно привязан к своему Отечеству, которое для него дороже всех стран мира… Когда Родина в опасности, тогда особенно разгорается в сердце русского человека эта любовь… Не только как на долг, на священный долг, смотрит он на дело ее защиты, но это есть непреодолимое веление сердца, порыв любви, который он не в силах остановить, который он должен до конца исчерпать».

В 1945 году, после смерти патриарха Сергия, митрополит Алексий был избран патриархом. За всю историю патриаршества на Руси Алексий I дольше всех занимал Московский патриарший престол – более 25 лет. В характеристике, которая была составлена Советом по делам религий для ЦК КПСС, было особо отмечено: «Патриарх Алексий продолжал начатое патриархом Сергием дело нормализации отношений между Церковью и государством… Возглавляя самую большую и богатую из всех 14 православных автокефальных Церквей мира – Русскую Церковь, являясь хорошо образованным человеком и обладая способностью говорить с людьми и располагать их к себе, патриарх Алексий имеет большой авторитет среди духовенства и верующих как в СССР, так и за границей». И действительно, авторитет Алексия I был способен объединить вокруг себя духовенство и верующих в исключительно трудных условиях. Многие из тех, кто отделился от Московской патриархии после опубликования «Декларации», вернулись под омофор Святейшего Патриарха как на территории России, так и за рубежом.

Став патриархом, Алексий I считал важнейшей своей задачей восстановление нормальной жизнедеятельности Русской Церкви после периода жестоких гонений. Однако и на его долю выпали тяжелые испытания, более изощренные, чем это было в эпоху открытого противостояния. Лучшей оценкой трудов патриарха Алексия является свидетельство о них потомков: «В период его первосвятительства были лучшие и худшие времена, но неизменной оставалась забота патриарха о сохранении церковного организма. Его труды во многом позволили не утратить преемственную связь церковной жизни с ее дореволюционным периодом – связь, которая вследствие гонений уже тогда была значительно ослаблена и была способна оборваться».