В 1985 г., в конце 21-го солнечного цикла, северный сектор был отрицательным, а южный – положительным. «Пионер-11», находящийся в 15° севернее солнечного экватора, пребывал в отрицательном секторе большую часть времени, а с середины 1985 г. – постоянно. Как и в течение 1976 г., когда он шел к Сатурну высоко над эклиптикой, токовый слой ниже аппарата оказался сглажен и «прижат» к экватору. Наверху поэтому господствовал быстрый солнечный ветер. А область токового слоя – это по определению область медленного солнечного ветра. Именно в таких условиях продолжали лететь два остальных аппарата. Так удалось установить, что магнитное поле Солнца контролирует состояние среды вплоть до дистанции в 36 а.е.

В июне 1989 г. на 139-м симпозиуме Международного астрономического союза были представлены результаты Гэри Толлера из Центра космических полетов имени Годдарда. Проанализировав фотометрические данные обоих «Пионеров» после ухода из зоны околосолнечной пыли, он заключил, что 82 % фонового свечения неба приходится на очень слабые звезды, 17 % – на диффузный свет Млечного Пути, рассеянный на межзвездной пыли, и примерно 0,6 % приходит из-за пределов нашей Галактики.

Интересным побочным результатом стала оценка положения Солнца относительно плоскости Галактики исходя из свечения пыли с разных направлений. Оказалось, что мы «проживаем» примерно на 12 парсек выше этой плоскости. В целом же результаты Толлера подтвердили, что порядка 90 % материи во Вселенной не фиксируется по ее излучению.

Задержавшись на визит к Сатурну, «Пионер-11» вышел за орбиту Нептуна 23 февраля 1990 г. – на семь лет позже своего напарника и позже, чем оба «Вояджера».

В октябре 1990 г. на нем вышел из строя микроволновой переключатель в системе радиосвязи, и ее стало невозможно использовать в когерентном режиме.

В январе 1995 г. не был выполнен очередной маневр прецессии оси вращения с целью наведения ее на Землю, так как солнечный датчик не смог увидеть Солнце. Связь с Землей прервалась в декабре и отсутствовала несколько месяцев – лишь в середине мая планета вновь должна была появиться в пределах диаграммы направленности антенны.

Тем временем выход РИТЭГов снижался медленно, но неотвратимо. Сами по себе источники на ²³⁸Pu снизили свое энерговыделение за 23 года не так сильно, но падала выходная электрическая мощность из-за деградации термопар в преобразователе. К августу или в лучшем случае к декабрю прогнозировалось ее снижение до уровня, недостаточного для питания каких-либо приборов. А это означало, что работа «Пионера-11» прекратится. «Какой толк от космического аппарата, если он не передает научной информации? – говорил Фред Вирт. – Вы просто не сможете оправдать трату денег при отсутствии данных». На работу двух «Пионеров» в это время выделялось из бюджета NASA по 2,5 млн долларов в год.