Считается, что «Гимн во славу Любви» и «Гимн во славу Красоты» были написаны Спенсером в молодые годы, а «Гимн во славу Небесной Любви» и «Гимн во славу Небесной Красоты» – в середине 1590-х годов. Первая пара гимнов прославляет Купидона и Венеру, вторая – Христа и Мудрость. При этом оба гимна во славу любви связаны с высшими существами мужского пола, а прославления красоты – с женскими образами. Венера и Мудрость всегда находятся над миром людей, в то время как и Купидон, и Христос спускались на землю. Купидон, бог земной, чувственной любви, порабощает и тиранит людей; Христос же, являясь олицетворением Любви Небесной, идет в мир, чтобы служить людям, чтобы очистить их от греха. Человек, попавший в плен к Купидону, настолько захвачен желанием обладать возлюбленной, что видит в ближних своих только возможных соперников в любви. В «Гимне во славу Небесной Любви», напротив, утверждается, что человек должен всегда выказывать любовь и сострадание к другим людям. Влюбленный первых двух гимнов исключил подлинно духовный мир последних двух гимнов из своего парадиза удовольствий, а возвышенный христианин, образ которого выведен Спенсером в завершающей паре гимнов, стремится отречься от царства Купидона. Описывая и того, и другого, Спенсер словно желает показать грани любви и красоты, отдавая предпочтение их духовным ипостасям, но не отвергая категорически форм их земного проявления.

В ирландский период жизни Спенсер создал и свое самое масштабное и знаменитое произведение – эпическую поэму «Королева фей». Первое упоминание о поэме относится ко времени пребывания Спенсера в Лондоне – о ней говорится в переписке Спенсера и Харви, опубликованной последним в 1580 г. Первые три книги «Королевы фей» были написаны к 1589 г., следующие три – к 1596 г., когда в Лондоне увидело свет издание всех шести книг, вышедших под названием «Королева фей. Изложенная в двенадцати книгах, отражая двенадцать нравственных добродетелей». Об объеме поэмы можно судить хотя бы по тому, что каждая книга, в свою очередь, делилась на двенадцать песней. Воспетыми оказались такие добродетели, как благочестие, умеренность, целомудрие, дружба, справедливость и вежество. Незаконченная книга VII была опубликована уже после смерти Спенсера. В соответствии с традицией, восходящей к гомеровскому эпосу, эпическая поэма должна была состоять из 24 частей – по числу букв в древнегреческом алфавите, и изначально Спенсер намеревался написать двенадцать книг, посвященных нравственным добродетелям, а затем еще двенадцать, посвященных воспеванию государственных и политических добродетелей. Такой план оправдывал посвящение «Королевы фей» Елизавете I. Однако со временем намерения Спенсера изменились, а смерть не позволила поэту осуществить задуманное до конца.