Ученых-догматиков, игнорировавших опытное знание, Бэкон сравнивал с пауками: они выжимают из себя абстрактные рассуждения и переплетают их, словно ткут паутину. Были ученые, которые собирали только отдельные факты, – их Бэкон сравнивает с муравьями. Однако подлинный ученый подобен пчеле: для него опытные данные – нектар, который он перерабатывает в мед истинной науки. «Новая наука» должна была стать не умозрительной, а опытной. Познание мира начинается с опыта, результаты которого в дальнейшем подвергаются осмыслению – рациональной обработке. Опыт для Бэкона – критерий истины. Таким образом, Бэкон разработал индуктивный (наводящий) метод научного исследования. И сейчас, в современной науке, ученые движутся от эмпирических данных к научному обобщению, от наблюдений и экспериментов к созданию теорий.

Разработке своего научного метода Бэкон посвятил трактат «Новый Органон», назвав его по образцу «Органона» (собрания сочинений по логике) величайшего ученого древности Аристотеля.

О том, как благосостояние общества связано с уровнем развития науки, Бэкон поведал в утопическом романе «Новая Атлантида». «Новой Атлантидой» писатель называет вымышленный остров Бенсалем, расположенный в Тихом океане. Правившие этим островом короли с древнейших времен покровительствовали добродетели и науке. Один из монархов прошлого учредил орден ученых – «Дом Соломона», получивший свое название по имени мудрейшего библейского царя. Члены ордена ученых познают «причины и скрытые силы всех вещей», расширяя власть человека над природой.

Люди науки и их изобретения пользуются на Бенсалеме неизменным почетом: скульптурные изображения корифеев и созданные ими чудеса техники экспонируются в обширных музейных галереях. Любопытно, что, рассказывая о достижениях бенсалемских мудрецов, Бэкон многократно предвосхитил изобретения и открытия грядущих столетий. У бенсалемцев были аппараты для полета в воздухе и плавания под водой, они умели передавать звук и свет на любые расстояния, обладали мощными телескопами и микроскопами, создавали новые эффективные лекарства (во времена Бэкона наиболее распространенными методами лечения всех хворей были рвотные и слабительные снадобья, врачи не расставались с клистиром и ланцетом для кровопускания, которое также считалось радикальным средством), занимались селекцией растений, были близки к открытию способов управления всякого рода осадками и даже грозой.

В отличие от Томаса Мора, который в своей «Утопии» хотел показать социальное устройство счастливого общества, Бэкон восславил вымышленную страну мудрецов, научный рай на земле, проиллюстрировав романом основные положения своей философии.