13 августа 1649 г. десятитысячное войско Кромвеля погрузилось на 132 корабля и двумя днями позже высадилось на ирландском побережье. Начиналась одна из самых постыдных и кровавых страниц в истории господства англичан над Изумрудным островом. Власть английского парламента признавали только в Дублине и его окрестностях, и Кромвелю предстояло поочередно подавить очаги сопротивления, разбросанные по всей стране. Первой на пути его армии лежала крепость Дроэда (Дрохеда), считавшаяся практически неприступной. Тем не менее войско Кромвеля начало осаду этой ирландской твердыни, которую защищали около 3 тыс. человек, наотрез отказавшихся сдаваться на милость англичан. Тогда артиллерия Кромвеля сделала брешь в крепостной стене, и командир вместе со своими солдатами ворвался через нее внутрь крепости. Из донесения, отправленного Кромвелем после взятия Дроэды в Лондон, следует, что по его приказу 11 сентября 1649 г. было зарублено более 2 тыс. человек. Около сотни ирландцев, искавших убежища в местной церкви, сгорели в ней заживо. При этом потери англичан составили всего 64 человека.

Жестокость (если не употребить более сильное выражение – зверства) англичан имела демонстративный характер: Кромвель хотел запугать ирландцев и обеспечить себе легкую победу. Однако его намерения не оправдались. Ирландцы продолжали сопротивление и тогда, когда месяц спустя в павшей крепости Уэксфорд люди Кромвеля вырезали более 2 тыс. человек.

Зима 1649–1650 годов оказалась союзницей ирландцев: английская армия голодала, солдат косили болезни. Сопротивление местных гарнизонов оставалось упорным, а в мае 1650 г. англичане потерпели серьезное поражение. Во время осады города Клонмел потери Кромвеля составили около 2 тыс. человек, а маленький гарнизон – около 1200 защитников – вынудил врагов снять осаду крепости. Сразу после этого события Кромвель был отозван в Лондон. Его место в Ирландии занял Генри Айртон (1611–1657), зять «старого Нолля». Впрочем, Айртона подстерегала скорая смерть: в 1651 г. он скончался от лихорадки, подхваченной в ирландских болотах.

Кромвеля вызвали в Лондон не для того, чтобы упрекнуть за отсутствие видимых успехов в его весьма дорогостоящей ирландской кампании. Государственный совет был крайне обеспокоен происходящим в Шотландии и полагал, что лишь Кромвелю по силам уберечь Англию от опасности, грозящей ей с севера. Угроза заключалась в том, что престолонаследник Карл нашел общий язык с ковенантерами, предстал перед ними в качестве ревностного протестанта, осуждавшего веру матери и потворство католикам, которое вменяли в вину его отцу. Поскольку молодой Карл соглашался ввести пресвитерианское церковное устройство в Англии, ковенантеры провозгласили его королем Шотландии и были преисполнены решимости помочь ему занять трон соседнего королевства. Они готовили военное вторжение в Англию.